Методом ДНК-анализа определены генотипы 97 животных якутского скота в двух хозяйствах по 15 микросателлитным локусам ДНК: ETH3, CSSM66, INRA23, BM1818, ILSTS6, TGLA227, TGLA126, TGLA122, SPS115, ETH225, TGLA53, CSRM60, BM2113, BM1824, ETH10. Выявлено, что внутрипородная структура якутского скота различается в аллельном спектре по изученным микросателлитным локусам. Из 15 исследованных локусов 9 обладают высокой степенью гетерозиготности от 0,6 до 0,8. Частота встречаемости различных аллелей изученных микросателлитных локусов в выборке варьировала от 0,5 до 82,5 %. При этом подавляющее большинство аллелей встречалось с частотой менее 50 %. Всего у исследованных животных было идентифицировано 77 аллелей. При этом были редкими 12 аллелей: ETH3 (115), CSSM66 (183), TAGLA227 (89,93), TAGLA126 (119), SPS115 (252, 262), TAGLA53 (166,184), CSRM60 (92, 100), ETH10 (213). Число аллелей на локус варьировало от 2 (BM1818) до 9 (TAGLA53), а значения PIC от 0,272 до 0,742. Среднее число на локус составило 5,13±0,456. Наибольший показатель PIC имели локусы TGLA 227 (0,742) и ILSTS006 (0,712). Наименьшее значение показателя информативности отмечается у локуса SPS115 (0,272). Наиболее полиморфным локусом оказался TGLA227 (4,461), а наименее – локус SPS115 (1,428). Значения уровней наблюдаемой и ожидаемой гетерозиготности находились в пределах 0,351–0,814 (в среднем 0,605±0,038) и 0,300–0,776 (в среднем 0,600±0,037) соответственно. В исследуемой популяции якутского скота наблюдаемая гетерозиготность выше ожидаемой, т. е. система случайного скрещивания преобладает над инбридингом, что подтверждается отрицательным значением Fis (–0,012±0,023).