Общей составляющей для всех селекционных программ по работе с породами, популяциями, стадами является повышение генетического потенциала, сохранение и совершенствование генофонда ценных отечественных пород сельскохозяйственных животных, в т.ч. молочного скота. Методы молекулярной генетики позволяют изучить, оценить, прогнозировать племенные, продуктивные качества, устойчиво передающие и прогрессивно развивающиеся в поколениях. Целью настоящих исследований стало изучение полиморфизма генов: каппа-казеина – CSN3, гипофизарного фактора транскрипции – PIT-1, пролактина – PRL, соматотропина – GH и поиск связи их полиморфных вариантов с показателями молочной продуктивности коров ярославской породы, разводимой в условиях Ставропольского края. Методами ПЦР-ПДРФ установлено, что полиморфизм изучаемых генов представлен двумя аллелями: ген CSN3 – аллелями CSN3А и CSN3В ; ген PIT-1 – PIT-1А и PIT-1В ; ген PRL – PRLА и PRLВ ; ген GH – GHL и GHV и тремя генотипами – CSN3АА, CSN3ВВ, CSN3АВ; PIT-1АА, PIT-1ВВ,PIT-1АВ; PRLАА, PRLВВ, PRLАВ; GHLL, GHVV, GHVL соответственно. Определена частота встречаемости селекционно-значимых аллелей, выявлены генотипы-носителей генетических маркеров. Установлено, что удельный вес животных, носителей генокомплексов из 4 генов и 8 желательных аллелей, составил 0,63, из 4 генов и 7 маркерных аллелей – 3,16, из 4 генов и 6, 5, 4 маркерных аллелей – 20,87 %. Большая часть животных (62,7 %) являлась носителями генокомплексов либо из 4, 3, 2 генов и 2 маркерных аллелей. Сделан вывод о необходимости широкого использования генотипов, носителей генетических маркеров, в селекционном процессе, что обеспечит накопление в стадах ярославской породы желательных аллелей и создаст условия для повышения эффективности ее разведения в условиях Ставропольского края.