Гидросфера имеет две основных группы экологических проблем — внутренние и внешние. Внутренние проблемы связаны с тем, что вода является основным ее составляющим элементом. Представляя собой неорганическое соединение, имеющее химическую формулу Н2О, вода (оксид водорода) состоит из атома кислорода и двух атомов водорода. Доля пресной воды составляет лишь 2,5% от общего объема, из которых 0,003% расположены в живых организмах. Основная часть земной воды — соленая, она не подходит для использования в сельскохозяйственных нуждах и непригодна для питья. Внешние проблемы вытекают из прочных связей гидросферы с литосферой и атмосферой, ведь все они являются частями биосферы. Эти плотно взаимодействующие слои неразрывно связаны и оказывают друг на друга непосредственное влияние. Возникшие в одном из слоев проблемы, влекут за собой немедленную реакцию в остальных — имеет место своего рода взаимообмен проблемами.