Методы профилактики заболеваний рыб направлены на уничтожение паразитов в организме хозяина и в среде обитания рыб — в водоеме (химиопрофилактика, повышение резистентности рыб), на недопущение паразитов в водоем (ограничение завоза рыб, ввоз здоровой рыбы, карантинные меры и т.д.), а также препятствуют распространению их и попаданию в организм хозяина. Показано, что поликультура является не только наиболее эффективным методом использования естественной кормовой базы водоема и вследствие этого повышения рыбопродуктивности, но и средством предотвращения массовых заразных и других заболеваний рыб. Для предотвращения массовых заразных заболеваний рыб и гибели от них как в благополучных, так и в неблагополучных прудах карповых рыбоводных хозяйств целесообразно вместе с карпом выращивать и другие виды рыб, которые не болеют болезнями, свойственными карпу. В результате в прудах создаются так называемые разреженные видовые посадки рыб, в то же время общая биомасса остается высокой. При этом наиболее полно используется естественная кормовая база прудов и создается своего рода биологический буфер, препятствующий возникновению и распространению контагиозных болезней. Особенно важную роль поликультура может играть в прудовых хозяйствах, уже имеющих определенные проблемы с краснухой, филометроидозом, ботриоцефалезом, оспой карпа и т.д. Многолетние исследования маточных стад в прудовых хозяйствах показали, что в большинстве из них имеются единичные очаги заболеваний, которые при наличии оптимальных условий для возбудителя готовы мгновенно отреагировать вспышкой заболевания или вообще находиться на карантине по той или иной болезни рыб. При определении объектов поликультуры необходимо уменьшить долю видов рыб, имеющих значительное количество общих болезней.