Регулирование речного стока влечет за собой изменение среды обитания гидробионтов. Биологические сообщества могут варьировать и формироваться в течение нескольких лет, поэтому необходим регулярный мониторинг за состоянием экосистем водохранилищ. В настоящее время наблюдается существенный пробел в современных исследованиях донной фауны Богучанского водохранилища, которое является нижней ступенью Ангарского каскада ГЭС. В течение пяти лет (2014–2015, 2017–2019 годы) исследовались сообщества зообентоса в нижней части Богучанского водохранилища. Донная фауна носила хирономидно-гаммаридный характер с преобладанием хирономид. Выявлено 75 видов беспозвоночных, 39 из них относятся к двукрылым насекомым семейства Chironomidae. Сообщества в прибрежной зоне качественно и количественно намного богаче, чем в глубоководной. С уменьшением глубины наблюдался рост численности беспозвоночных примерно в 6 раз за счет мелкоразмерных видов хирономид. Численность зообентоса на глубине составила 0,3 тыс. экз./м², в прибрежье — 1,8 тыс. экз./м². Биомасса в разных глубинных зонах существенно не отличалась: в глубоководной части — 2,0 г/м², на мелководье — 2,4 г/м². Трофический статус Богучанского водохранилища в 2018 году соответствовал мезотрофному типу умеренной кормности (III класс), в остальные годы — олиготрофному типу низкой кормности (II класс). В настоящее время формирование донной фауны находится на стадии стабилизации биоценозов. Для оценки качества воды по донным сообществам использовали комплексный подход из трех биоиндикационных показателей: индексы Майера, сапробности и Шеннона. Основополагающим критерием при подборе индексов являлся учет особенностей структурной организации бентоценозов, то есть степень развития индикаторных таксонов. Качество вод, оцененное по состоянию сообществ зообентоса, соответствовало III классу — «умеренно загрязненная», β-мезосапробная зона.