Регулирование речного стока необходимо для рационального использования речных ресурсов. По этой причине крупные водохранилища расположены в зонах интенсивного экономического развития, где высока потребность в водных ресурсах для энергетических, коммунально-бытовых, рекреационных и технических целей [17]. Однако создание плотин часто оказывает значительное негативное влияние на гидрологические, биологические и химические процессы выше и ниже плотины [23; 25; 26; 29]. При этом качество воды существенно меняется, происходит «цветение» воды, размножаются сине-зеленые водоросли, создаются бескислородные зоны и заморы рыб в ледовый период, ухудшаются санитарно-гигиенические параметры воды из-за сброса сточных вод городов и поселков. Зарегулирование рек и эксплуатация водохранилищ влекут за собой изменение среды обитания для биоты реки, вследствие чего на лидирующие позиции выходят организмы с высокой экологической адаптивностью и устойчивостью к загрязнению: Chlorophyta, Cyanophyta и Bacillariophyta среди фитопланктона, копеподы среди зоопланктона, олигохеты и хирономиды среди зообентоса [28]. Кроме того, происходит замещение рыбного высокосортного населения соровым ихтиоценозом [26]. Условия среды обитания гидробионтов могут меняться и формироваться в течение нескольких лет, поэтому необходим регулярный мониторинг за состоянием водных биологических сообществ.
Ангара наряду с Енисеем и Волгой входит в число российских рек, зарегулированных крупными водохранилищами. На сегодняшний день на Ангаре располагается каскад водохранилищ, в состав которого входят четыре ГЭС: Иркутская, Братская, Усть-Илимская и Богучанская. Богучанское водохранилище стало четвертой, нижней ступенью Ангарского каскада ГЭС. Ранее проводились многолетние исследования экосистем Иркутского, Братского и Усть-Илимского водохранилищ, а также незарегулированного нижнего участка Ангары. На основании этих данных был подготовлен прогноз состояния разных компонентов экосистемы планируемого Богучанского водохранилища в период формирования и стабилизации [6; 20]. Однако в настоящее время наблюдается существенный пробел в современных исследованиях непосредственно Богучанского водохранилища. Имеются лишь фрагментарные сведения о гидрохимическом режиме и состоянии планктонных сообществ [9; 13; 15]. Сообщества донной фауны исследовались лишь в других ангарских водохранилищах и в Ангаре до наполнения Богучанского водохранилища [1; 8].