For all questions:

+7 495 274-22-22

UDK: 616–036.22

Experience in using the RAPD-PCR technique for identifying E. coli strains in patients with urinary tract infections

K. I. Sursyakova Federal state budgetary educational institution of higher education «Altai state medical University» of the Ministry of health of the Russian Federation, https://orcid.org/0000-0003-2811-2533, e-mail: boydika@yandex.ru
T. V. Safyanova Federal state budgetary educational institution of higher education «Altai state medical University» of the Ministry of health of the Russian Federation
V. V. Prokopiev Federal state budgetary educational institution of higher education «Altai state medical University» of the Ministry of health of the Russian Federation

Urinary tract infections (UTIS) in the Russian Federation are widespread and often occur in children, adults, most often affecting people in the most active period of their lives. The course of UTI is determined by a number of predisposing factors, such as age, sex, General condition of the patient, the presence of immunocompromising factors. Uncontrolled use of antibacterial therapy is often a predisposing factor in the chronization of the process in the upper urinary tract.To determine the identity of E. coli strains. In 2019, biological material was collected from 50 patients of «Altai regional hospital for war veterans» with urinary tract infections (chronic pyelonephritis and chronic cystitis) to assess bacteriuria. According to the results of bacteriological research, 23 strains of E. coli were isolated. After that, molecular genetic analysis was performed using the Random Amplified Polymorphic DNA method of E. Coli strains obtained from patients with urinary tract infections, and their identity was evaluated. The results of this study showed that the method used is a reliable method of epidemiological mapping and determination of relationships between closely related varieties and strains of microorganisms isolated from various sources. Carrying out one bacteriological examination of urine in urinary tract infections is not enough, only high-tech techniques allow establishing the exact type of the causative agent of these infections and will allow selecting the correct appointment of antimicrobial drugs in patients with this group of infections.

В Российской Федерации инфекции мочевыводящих путей (ИМП) имеют большое распространение и часто возникают у детей и взрослых трудоспособного возраста [1–3]. По данным литературных источников, ИМП в общей структуре инфекционной заболеваемости занимают третье место после респираторных и кишечных инфекций [4–6]. Течение ИМП определяется рядом предрасполагающих факторов, таких как возраст, пол, общее состояние пациента, наличием иммунокомпрометирующих заболеваний (сахарный диабет, нейтропения и др.). Применение антибактериальной терапии может вести к хронизации процесса в верхних отделах мочевыводящих путей [8, 9].

Цель исследования: провести молекулярно-генетический анализ с применением метода Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD-PCR) штаммов E. сoli, полученных от пациентов с ИМП, проходящих лечение в КГБУЗ «Алтайский краевой госпиталь для ветеранов войн» (КГБУЗ «АКГВВ»), и оценить их идентичность.

В 2019 г. у пациентов с ИМП, проходящих лечение в КГБУЗ «АКГВВ», был произведен отбор биологического материала и проведено его бактериологическое исследование на предмет наличия бактериурии. Все отобранные 50 образцов мочи были от пациентов, имеющих хронический пиелонефрит и хронический цистит. Всего из отобранного материала было выделено 23 штамма E. сoli. Идентификация микроорганизмов с учетом их сахаролитических свойств проводилась с помощью программы ABIS online. По результатам бактериологического исследования был проведен молекулярно-генетический анализ, используемой методикой была выбрана RAPD-PCR.

Оборудование, использованное для определения молекулярно-эпидемиологических характеристик выделенных штаммов методом RAPD-PCR, было безвозмездно предоставлено иммунологической лабораторией КГБУЗ «Краевая клиническая больница» (электрофорезная горизонтальная камера Sub cell GT cell (Bio Rad), трансиллюминатор компактный, 254 нм, фильтр 200 × 200 мм, лампы 6 × 8 Вт, ECX-F2). В процессе проведенного исследования были применены следующие расходные материалы: AppliChem Этидиум бромид, AppliChem Агароза с низким электроэндоосмосом, EEO 0.09–0.13,10*TBE буфер, стерильная упаковка.

For citation:
K. I. Sursyakova, T. V. Safyanova, V. V. Prokopiev, Experience in using the RAPD-PCR technique for identifying E. coli strains in patients with urinary tract infections. Sanitary Doctor. 2020;2.
The full version of the article is available for subscribers of the journal
Article language:
Actions with selected: