Геномная селекция – очень молодая область науки, которая быстро стала самой современной в мире методологией отбора схем разведения сельскохозяйственных животных, особенно крупного рогатого скота. Высокая эффективность геномного отбора обусловлена идентификацией в раннем возрасте генетически элитных животных на основе информации о состоянии однонуклеотидных полиморфизмов ДНК генома. С помощью повышенной точности отбора в молодом возрасте можно сократить интервалы генераций и значительно ускорить генетический прогресс в животноводстве. Целью работы был полногеномный поиск ассоциаций c QTL мясной продуктивности у скота казахской белоголовой и аулиекольской пород. В работе отражены результаты полногеномного поиска ассоциаций SNP мясного скота казахской белоголовой и аулиекольской пород c QTL, отвечающих за признаки мясной продуктивности. SNP-типирование животных проведено с помощью биочипа GeneSeek GGP Bovine 150K со средней плотностью покрытия 150 000 SNP (Illumina Inc., США). Полногеномное ассоциативное исследование (GWAS) было выполнено с использованием Plink. Полиморфные сайты были аннотированы идентификаторами rs с использованием базы данных SNP ChimpV3. Используя идентификаторы rs, полиморфные сайты аннотировали с помощью базы данных Ensembl для получения информации о типе мутации, локализации в гене, потенциальном эффекте и т. д. Также идентификаторы rs использовались для аннотирования SNP с помощью QTL с использованием базы данных QTL крупного рогатого скота. Показано, что у обеих пород при уровне значимости 0,00001 и 0,001 выявляются QTL, не описанные в базах данных QTL Cattle DB. Приведен анализ распределения значимых SNP по хромосомам.