Кишечный микробиоценоз представляет собой высокоорганизованную систему, реагирующую качественными и количественными сдвигами на динамическое состояние организма человека в различных условиях жизнедеятельности, здоровья и болезни [Гриневич В. Б., 2008; Осипов Г. А., 2013]. Для количественной оценки компонентов микробного сообщества человека и мониторинга качественных и количественных изменений незаменим метод масс-спектрометрии микробных маркеров (МСММ) [Osipov G. A., 2011; Годков М. А., 2011]. Это отечественная методическая разработка, не имеющая зарубежных аналогов, в 2009 г. она была зарегистрирована как новая медицинская технология «Оценка микроэкологического статуса человека методом хромато-масс-спектрометрии» [Баранов В. М., 2009], а в 2010 г. получила разрешение на применение на территории Российской Федерации (Разрешение ФС 2010/038 от 24.02.2010).
Метод МСММ — наукоемкая технология, развивается с учетом возможностей масс-спектрометрии, представления о химии липидов и микробной хемотаксономии, знания о метаболоме человека, математических и статистических методов. В настоящее время метод реализован и успешно применяется в практической медицине в виде готового приборного и методического решения отечественного производства — анализатора «Маэстро» (ООО «Интерлаб», Россия), адаптированного для использования персоналом специальностей «лаборант», «техник-лаборант» и не требующего глубокого изучения совокупности вовлеченных в основу методики дисциплин.
Принципиальной отличительной особенностью метода МСММ является подход к работе c биоматериалом. Реализованная возможность реконструкции микробного сообщества в любых биологических образцах по специфическим химическим микробным молекулярным маркерам (высшие жирные кислоты, жирные альдегиды, стерины) на практике означает использование простой химической процедуры пробоподготовки для извлечения маркеров и их анализ: т. е. отсутствие необходимости культивирования [Осипов Г. А., 2007; Платонова А. Г., 2015]. Некультуральный подход совместно с точным количественным измерением маркеров с помощью газовой хроматографии масс-спектрометрии определяют исключительные особенности метода МСММ. Методика имеет широкий диагностический диапазон: единичный анализ дает информацию о количественном присутствии 57 микроорганизмов, включая анаэробы, актинобактерии, вирусы и грибы. Полный цикл анализа от момента поступления пробы в лабораторию до получения отчета составляет 2 часа. Отсутствие необходимости в сохранении жизнеспособности микроорганизмов позволяет существенно упростить процедуры отбора, транспортировки и хранения проб, а также достоверно обнаружить присутствие микроорганизма вне зависимости от его способности расти на искусственных питательных средах. Также некультуральный подход МСММ дает возможность анализировать биологические жидкости, которые имеют развитую антигенную систему, различные среды (кровь, слюну, мочу, секрет простаты, ликвор, экссудат, промывную жидкость, биоптаты и др.) [Осипов Г. А., 2000]. Таким образом, метод МСММ является уникальным инструментом в установлении/уточнении природы инфекционно-воспалительных процессов, позволяет выявить скрыто протекающие анаэробные инфекции, в том числе эндогенной природы, патогенез которых связан с транслокацией (в частности, из кишечника) и избыточным ростом компонентов естественной микробиоты. Только в рамках метода МСММ осуществим клинический мониторинг состояния пациента с возможностью контроля за ходом лечебных мероприятий, ранней диагностики возникновения госпитальных инфекций, своевременного изменения требований к тактике ведения антимикробной терапии [Аврамов А. А., 2019], что особенно необходимо в отделениях реанимации и интенсивной терапии.