Subscription request:

podpiska@panor.ru

For all questions:

+7 495 274-22-22

UDK: 615.281.8+547.814.5 DOI:10.33920/med-13-2101-02

Search for active candidates in a range of flavonoids regarding SARS-CoV-2 by the method of molecular docking

Pechinskii Stanislav V. candidate of pharmaceutical sciences, associate professor of the department of pharmaceutical chemistry, Pyatigorsk Medical and Pharmaceutical Institute — a branch of SEI HPE Volgograd state medical university MH RF; 11, Kalinina etc., Pyatigorsk. 357532, Russia, 9-10-87; E-mail: hplc @ yandex.ru
Oganesyan Eduard T. doctor of pharmaceutical sciences, professor, head of the department of organic chemistry, Pyatigorsk Medical and Pharmaceutical Institute — a branch of SEI HPE Volgograd state medical university MH RF; 11, Kalinina etc., Pyatigorsk. 357532, Russia, 2-49-37; E-mail: edwardov @ mail.ru
Kuregyan Anna G. candidate of pharmaceutical sciences, associate professor, department of pharmaceutical chemistry, Pyatigorsk Medical and Pharmaceutical Institute — a branch of SEI HPE Volgograd state medical university MH RF; 11, Kalinina etc., Pyatigorsk. 357532, Russia; Tel. 9288225891; E-mail: Kooreguan@mail.ru; https://orcid.org/0000-0002-0698-8254

Molecular docking is a convenient and cost-effective tool for targeted screening of biologically active structures. This method makes it possible to reveal the relationship between structure and activity, as well as to search for new active compounds. Due to the fact that the antiviral activity of flavonoids and their derivatives has been shown experimentally and clinically, the study of their antiviral activity against SARS-CoV-2 is a promising study. In an in silico experiment, the possibility of binding 20 flavonoid ligands and the main protease SARS-CoV-2 was studied. The structural features of flavone and flavanone derivatives have been determined, which determine their ability to block the main protease of the SARS-CoV-2 virus. Structures of eight new candidates that bind the main protease SARS-CoV-2, which have the prospect of synthesis and further pharmacological research, have been proposed.

Коронавирусы (подсемейство Coronavirinae, семейство Coronaviridae, отряд Nidovirales, по геномной структуре α-, β-, γ- и δ-CoV) объединяют в группу одноцепочечных патогенных РНК-вирусов, которые являются причиной заболевания животных и человека [9]. Среди основных вспышек коронавирусных инфекций следует выделить тяжелый острый респираторный синдром (SARS-CoV, 2003 г.), ближневосточный респираторный синдром (MERS-CoV, 2012 г.) и тяжелый острый респираторный синдром 2019 г. (синдром коронавируса-19, CoronaVirus-2), вызванный SARSCoV-2 [17]. В марте 2020 г. Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) признала синдром коронавируса-19 пандемией. По данным на декабрь 2020 г., в мире насчитывается более 75 млн случаев заболевания синдромом коронавируса-19, из них выздоровели более 50 млн человек, и зафиксировано более 1,6 млн случаев летальных исходов [20].

Как отмечается, смертность от SARS-CoV-2 ниже, чем в случаях с SARS-CoV и MERS-CoV, однако SARS-CoV-2 имеет более высокую трансмиссивность и контагиозность, что является глобальной эпидемиологической проблемой [4]. С точки зрения этиотропного лечения мировые медицина и фармация не были готовы к такому вызову. Однако именно эта «неготовность» стала стимулом для интенсивного развития исследований по разработке этиотропных препаратов по двум основным направлениям. Первое связано с поиском вирулицидных соединений с активностью в отношении SARS-CoV-2, второе — с веществами, действующими на клетки человека и его иммунную систему.

Первые публикации о потенциальной противовирусной активности флавоноидов относятся к середине ХХ века [5]. В настоящее время экспериментально и клинически показана противовирусная активность полифенолов в отношении вируса простого герпеса (HSV-1), вируса гриппа A (H1N1), гепатитов B и C (HBV/HCV), вируса иммунодефицита человека (ВИЧ) и вируса Эпштейна-Барр (EBV) [10, 12]. В связи эти мы считаем, что изучение противовирусной активности флавоноидов в отношении SARS-CoV-2 — это перспективное направление исследований. Виртуальный скриниг, а именно метод молекулярного докинга, является удобным и экономичным инструментарием для направленного скрининга биологически активных структур. Этот метод позволяет выявить связь между строением и активностью, а также проводить поиск новых активных соединений. Поиск кандидатов, активных в отношении SARS-CoV-2, не является исключением [7, 14, 21].

For citation:
Pechinskii Stanislav V. , Oganesyan Eduard T., Kuregyan Anna G., Search for active candidates in a range of flavonoids regarding SARS-CoV-2 by the method of molecular docking. Pharmaceutical Business and Drug Technology. 2021;1.
The full version of the article is available for subscribers of the journal
Article language:
Actions with selected: