Управление конфликтами интересов как способ профилактики коррупционных правонарушений в таможенных органах имеет свою специфику, обусловленную особенностями сферы деятельности ФТС России и ее подразделений. В частности, к таким особенностям относятся: правовой статус работников таможенных органов как государственных гражданских служащих; значительная роль таможенных органов в исполнении фискальных обязательств перед государственным бюджетом за счет администрирования платежей, связанных с перемещением товаров и транспортных средств через границу Российской Федерации; участие ФТС России в оказании государственных таможенных услуг; особый порядок подбора, обучения, кадрового распределения государственных служащих таможенных органов, их социального обеспечения; реализация таможенными органами контрольно-надзорных функций; неподконтрольность институтам общественного контроля. В связи с этим конфликты интересов, возникающие у должностных лиц таможенных органов, представляют особую опасность, и их своевременное и полное урегулирование является одной из наиболее значимых задач таможенных органов.
Первичным элементом системы мер, направленных на управление конфликтами интересов в таможенных органах, выступает предотвращение конфликтов интересов при поступлении лиц на службу в таможенные органы. В частности, руководителями соответствующих подразделений таможенных органов, кадровыми службами учитываются персональные данные соискателя и сведения о соискателе, связанные с поступлением на службу в таможенные органы, в том числе сведения о его родстве (свойстве), о наличии у него корпоративных отношений с коммерческими и некоммерческими организациями, о владении долями в организациях, влияющими на возможность принятия управленческих решений.
Также анализ конфликта интересов осуществляется при определении должностных обязанностей, поручений, выдаваемых служащему таможенных органов.
Первичным элементом системы мер, направленных на управление конфликтами интересов в таможенных органах, выступает предотвращение конфликтов интересов при поступлении лиц на службу в таможенные органы.