Авторами статьи проведен комплексный анализ правоотношений, возникающих в организациях высшего образования в связи с созданием его сотрудниками произведений науки, литературы, искусства или объектов патентного права по заданию работодателя и в рамках выполнения трудовых обязанностей. В статье делается вывод о необходимости заключения работодателем и работником одного из предлагаемых законодателем гражданско-правовых договоров об отчуждении исключительного права на произведение или лицензионного договора, которые позволят в большей степени защитить законные права на результаты интеллектуальной деятельности обеих сторон правоотношения. Авторами систематизированы материалы правоприменительной практики и сделаны выводы о необходимости совершенствования юридического механизма защиты интересов авторов и иных правообладателей.