Национальный музей расположен в Рио-де-Жанейро, в районе Сан-Кристован, в зоне, известной как Парк Кинта-да-Boa-Виста. Управление музеем осуществляется Федеральным университетом Рио-де-Жанейро (UFRJ), и его коллекция, от самого здания до многочисленных экспонатов, представляет огромную историческую ценность, помогая рассказывать историю Бразилии и частично Португалии с момента прибытия королевской семьи после французских вторжений.
Здание классифицировано Национальным институтом исторического и художественного наследия (IPHAN — бразильский орган, ответственный за учет, хранение и доступ к процессам классификации культурного наследия Бразилии) как объект всемирного наследия. Оно имеет статус первого музея и исследовательского учреждения в Бразилии, а также крупнейшего музея естественной истории и антропологии в Латинской Америке.
Создание музея было направлено на продвижение социально-экономического прогресса страны через распространение образования, культуры и науки. Коллекция, находящаяся внутри здания, формировалась за счёт переноса инструментов, машин и кабинетов из других учреждений, пожертвования предметов искусства и древностей португальской королевской семьи, существующих коллекций в Доме птиц, коллекции минералогии, известной как Коллекция Вернера, и этнографических экспонатов, привезённых из различных провинций Бразилии.
Также музей обладает богатым книжным фондом, включающим книги, брошюры, периодику, мультимедийные материалы, инфолио, редкие издания, карты, диссертации и дипломные работы, принадлежащие библиотеке учреждения и библиотеке Франсиска Келлера, с документами, относящимися к Программе магистратуры по социальной антропологии (PPGAS). Научная коллекция включает образцы биоразнообразия, окаменелости, этнографические и археологические предметы, которые принадлежат отделам антропологии, ботаники, энтомологии, геологии и палеонтологии, беспозвоночных и позвоночных. Документальный фонд включает архивные материалы, хранящиеся в Секции памяти и архивов (SEMEAR) и Центре документации по языкам коренных народов (CELIN).