Учреждение вправе не платить налог на прибыль с целевых поступлений в виде средств из бюджета на уставную деятельность. По этим поступлениям и по расходам, которые бюджетное учреждение оплатило за счет субсидий, надо вести раздельный учет (подп. 3 п. 2 ст. 251 НК РФ; письма Минфина России о 22.02.12 03-03-06/4/11; 17.12.2015 № 02-03-06/4/74295). Это подтверждает и подп. 14 п. 1 ст. 251 НК РФ, согласно которой на бюджетные учреждения – получателей средств целевого финансирования в виде субсидий возложена обязанность по ведению раздельного учета доходов (расходов), полученных (произведенных) в рамках целевого финансирования.
Обычно бюджетные учреждения наряду с основной деятельностью, осуществляемой по заданию учредителя и финансируемой из бюджета, ведут деятельность, приносящую доход. В этом случае учреждение обязано вести раздельный учет операций по основной (некоммерческой) и по предпринимательской (коммерческой) деятельности, а также становится плательщиком по налогу на прибыль.
Для целей налогового учета по налогу на прибыль ведется раздельный учет доходов и расходов, полученных (произведенных) в рамках целевого финансирования
Как правило, у бюджетных учреждений кроме прямых расходов, непосредственно связанных с основной или с предпринимательской деятельностью, имеются расходы, которые нельзя однозначно отнести к конкретному виду деятельности. Распределение таких расходов выполняется пропорционально полученным доходам в конце месяца [2].
Департамент налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина России рассмотрел обращение о порядке налогообложения налогом на прибыль организаций бюджетного учреждения и в письме от 17.12.2015 № 02-03-06/4/74295 дал разъяснение о порядке распределения расходов.
Пунктом 1 ст. 272 НК РФ установлено, что расходы налогоплательщика, которые не могут быть непосредственно отнесены на затраты по конкретному виду деятельности, распределяются пропорционально доле соответствующего дохода в суммарном объеме всех доходов налогоплательщика.