С 2003 г. начался третий этап построения системы глобальных университетских рейтингов, т.к. впервые была успешно применена «сквозная» методика оценки вузов разных стран, независимо от страны их происхождения.
Россия, приняв в 2013 г. программу «5– 100», активно включилась в борьбу за высокие места в международных рейтингах, поставив задачу пяти университетам войти в сотню лучших университетов мира к 2020 г. На эти задачи были выделены десятки миллиардов рублей. Столь нужные для системы образования деньги были направлены на поддержку нескольких университетов, в основном федеральных или национальных исследовательских, которые и так финансировались особо.
Результаты известны, хотя и были предсказуемы: ни один из вузов не вошёл в искомую сотню вузов мира по каким-то рейтингам. Московский государственный университет не в счёт: он, во-первых, входил всегда в число лучших вузов мира, и, во-вторых, МГУ не входил в программу «5–100». В основном участники программы стремились войти в рейтинг QS.
Система рейтинга ведущих университетов мира (QS World University Rankings) задумана как система объективной оценки ежегодных достижений университетов, которая производится широким кругом экспертов разных стран, но выбранных самой системой QS по не совсем ясным причинам — наиболее вероятные: по встречающимся фамилиям исследователей в системах учёта публикаций.
Англоязычная система под руководством QS позволяет участвовать в рейтинге лишь при определённых ограничениях. Первое: эксперт не имеет права отмечать университет, который он представляет, что можно расценить как вполне объективное требование. Второе: эксперт выбирает определённый географический регион и может давать оценку университетам, расположенным только в нём, что может рассматриваться как необъективный подход, ограничивающий оценки университетов, известных эксперту, но находящихся в других регионах мира.
Кроме простой оценки рейтинга университетов по разным позициям руководство QS предлагает дополнительные вопросы для сбора информации, при ответе на которые эксперт получает бонус в долларовой сумме, на которую он может заказывать и читать только издания в предлагаемой организаторами базе, собранной по их интересам, в основном научной литературе США.