Функциональная нейрохирургия как отдельное направление сформировалось в середине ХХ в., с одной стороны, как следствие неэффективности консервативной терапии, наблюдаемой при лечении ряда хронических заболеваний центральной нервной системы (ЦНС), а с другой — как один из практических результатов развития нейрофизиологии. В основе функциональной хирургии лежит представление о том, что заболевание является не искажением нормальных, а возникновением новых функциональных соотношений в ЦНС [1]. В отличие от традиционной хирургии, основной задачей физиологической (функциональной) хирургии является воздействие не на патологический очаг, а на патологический процесс. Результатом такого воздействия в стереотаксической (функциональной) нейрохирургии является изменение функционального состояния ЦНС таким образом, чтобы устранить или минимизировать патологическую симптоматику. При этом, как правило, не затрагивается причина заболевания, улучшается лишь качество жизни пациента. Порой, говоря о функциональной нейрохирургии, не всегда корректно используют сам термин «операции при функциональных заболеваниях». На самом деле при большинстве заболеваний, являющихся показаниями к таким операциям, имеются те или иные морфологические изменения в ЦНС, и следовательно, эта патология не является чисто функциональной. Однако при этих заболеваниях изменяется функционирование ЦНС в целом, в том числе и морфологически не пораженных структур, на которых в большинстве своем и нацелены оперативные вмешательства.
Таким образом, отличительным признаком функциональной стереотаксической нейрохирургии является то, что объект хирургического воздействия — морфологически неизмененная зона мозга, задействованная в формировании устойчивого патологического состояния ЦНС, определяющего клиническую картину нервного или психического заболевания. При этом, если в неврологии подобные виды оперативных вмешательств использовались достаточно активно, то в области психиатрии они стали применяться лишь после длительного этапа теоретического, порой весьма дискутабельного, обоснования принципиальной целесообразности их использования.