Территория Подмосковной Мещеры расположена в пределах прогиба кристаллического фундамента Русской платформы Московской синеклизы. К мощным отложениям относятся юрские глины, пески, илы (мощностью 20–40 м), образовавшиеся в условиях теплого моря. Четвертичное оледенение захватило северную часть Западной Мещеры. Граница ледника проходила по реке Клязьме на севере. Обводнение приледниковой зоны, в которую входила рассматриваемая территория (в период таяния ледника), было так велико, что низины заполнялись озерами или превращались в долины стока талых ледниковых вод. В них оседали взвеси, образуя зандровые равнины с песчаными и супесчаными отложениями, наиболее распространенными и в настоящее время. Высокая обводненность сохранялась и в период таяния следующего — Валдайского ледника. Мощность ледниковых песчаных отложений достигает местами 10–30 м. Крупные ледниковые озера и долины стока к настоящему времени преобразовались в заболоченные области с сосновыми борами и сосново-еловыми лесами. По ботанико-географическому районированию изучаемая территория располагается на стыке Североевропейской таежной провинции Евроазиатской таежной области и Восточноевропейской провинции Европейской широколиственной лесной области. В связи с этим в растительном покрове прослеживаются черты южной тайги, хвойно-широколиственных и широколиственных лесов.
Непосредственно Подмосковная Мещера располагается в подзоне хвойно-широколиственных лесов. Наиболее существенное влияние на растительный покров региона оказывает палеогеографический фактор — наличие на моренной равнине мощных песчаных ледниковых отложений. Благодаря пограничному ботаникогеографическому положению территории ее флористическое разнообразие исключительно богато. Здесь достаточно весомо участие таежных видов растений хвойно-широколиственных и широколиственных лесов, болот разных типов и даже встречаются элементы степной зоны. По предварительным оценкам, в пределах только национального парка Шатурского района произрастает около 850 видов растений (Vascular plants) [3]. Важную роль играют элементы европейского комплекса (дубравного, относящегося к мезофильным лиственным лесам). Однако общее количество их невелико. Более всего лесных видов, затем идут луговые, болотные, поляноопушечные, водные и приречные. Список растений, нуждающихся в особой охране, включает 14 видов. Среди них сальвиния плавающая, рдест фриса, осока малоцветковая и т. д.