В процессе коэволюции микробное сообщество стало неотъемлемым и жизненно необходимым компонентом пищеварительного тракта многих беспозвоночных и позвоночных животных, в том числе и рыб [32]. Энтеральная микробиота играет важную роль в регуляции общего метаболизма, обеспечении защитных функций и процессах пищеварения организма хозяина [24, 25, 29]. К настоящему времени определены ключевые факторы, влияющие на формирование энтеральной микробиоты рыб, — спектр питания, возраст, сезон года, температура воды и др. [30, 31]. Тип питания, по мнению ряда авторов, один из важнейших факторов, оказывающих влияние на структуру энтеральной микробиоты рыб [30–32]. При формировании микробиоценоза в пищеварительном тракте организма-хозяина можно выделить две группы микроорганизмов: временно присутствующую аллохтонную микробиоту и автохтонную микробиоту, постоянно населяющую поверхность его слизистой оболочки. Как правило, аллохтонная и автохтонная микробиота проникает в пищеварительный тракт из окружающей среды с водой и пищей [31]. Процессы становления энтеральной микробиоты на разных этапах онтогенеза хорошо изучены у рыб, разводимых в прудовых хозяйствах с контролируемыми параметрами внешней среды обитания [22, 28]. Отдельные исследования также затрагивают пути формирования микробиоты в пищеварительном тракте рыб [30].
Энтеральную микробиоту изучают с помощью различных подходов, к которым относятся молекулярно-генетические методы, а также приемы культивирования бактерий с использованием физиолого-биохимических маркеров для их идентификации. Традиционные методы исследования заключаются в культивировании бактерий на селективных питательных средах. Однако показано, что с помощью этих методов более 70% кишечной микробиоты не удается культивировать и идентифицировать [13]. Для решения проблемы идентификации некультивируемых таксонов в настоящее время широко используются молекулярно-генетические методы. Подобные подходы основаны на анализе генов 16S рибосомной РНК (rRNA) и позволяют идентифицировать в том числе и некультивируемые бактерии. Вариабельные участки 16S rDNA уникальны для многих видов и штаммов бактерий и широко используются для их идентификации [14].