19 декабря 1986 года министр армии генерал Леонидас Пирес Гонсалвес издал указ № 061, согласно которому было приказано создать Исторический музей армии в форте Копакабана. Указом № 016 от 4 июня 1987 года были упразднены Музей армии и 3-я группа прибрежной артиллерии, а также весь имеющийся архив из исторических домов Деодору и Осориу был передан в новый музей.
С этого момента Исторический музей армии и форт Копакабана сформировали междисциплинарную техническую команду, и в сентябре 1996 года был открыт Зал Колония Империя с постоянной экспозицией «Армия в формировании национальности».
11 мая 1998 года был открыт Зал Республики, продолживший постоянную экспозицию и освещающий деятельность бразильской армии в Республиканский период до 1945 года. 12 октября того же года был также открыт Военный музей графа Линареса (MMCL).
Сегодня Исторический музей армии представляет собой важное пространство как для бразильской армии, так и для общества Рио-де-Жанейро. Это не просто музей, но значимый культурный центр, объединяющий форт Копакабана, важную бразильскую крепость и исторический объект. Здесь размещены долговременные экспозиции и имеются пространства для проведения мероприятий. Кроме того, к культурным объектам относятся Военный музей графа Линареса, исторический дом Деодору и Пантеон герцога де Кашиаса, что придаёт MHEx/FC статус культурного центра.
Сознавая свою миссию по сохранению, защите и распространению истории бразильской армии, музей стремится активизировать свою культурную деятельность, чтобы удовлетворить потребности как внутренней, так и внешней аудитории.
Чтобы понять причины строительства форта Копакабана, необходимо учитывать, что эта крепость является частью так называемой «системы обороны города Рио-де-Жанейро», а точнее залива Гуанабара, где находится порт, значимость которого возрастала с ростом торговли города.
Из-за своего стратегического расположения для создания порта и, соответственно, важного города, залив Гуанабара стал ареной для сооружения укреплений с 1555 года, когда французы предприняли колонизационную экспедицию под руководством Виллеганьона. Позднее регион был возвращён португальцами, которые основали город Сан-Себастьян-ду-Рио-де-Жанейро. Со временем значение города возрастало, и он получил статус столицы колонии, привлекая врагов Португальской короны.