Рассматривая термин «утилизация» как повторное использование с пользой, а не как ликвидация, можно с уверенностью сказать, что этот процесс на фабриках невозможен. Все упирается в отсутствие даже примитивного оборудования, не говоря уже о профессиональном, способном справиться с крупными объемами. Таким образом, складируемый помет не просто лежит в специально отведенном месте, но и загрязняет окружающую среду. Негативное воздействие проявляется в возникновении инфекционных болезней, загрязнении поверхностных и грунтовых вод. Из-за многолетнего накопления помета теряют свои характеристики многие плодородные пахотные земли. Отравление окружающей среды влечет за собой реакцию защитников экологии. Бьют тревогу природоохранные и санитарно-ветеринарные органы, желая спасти территории, страдающие от отходов птицефабрик. Частые обращение в подобные органы от населения с жалобами на ухудшение состояния окружающей среды повлекли за собой реакцию проверяющих в формах предупреждений, предписаний и штрафов по отношению к фабрикам, накапливающим большие объемы птичьего помета.
Всемирная организация здравоохранения провозгласила список из более чем сотни возбудителей инфекционных и инвазионных заболеваний, которые могут содержаться в помете и сточных водах птицефабрик. В этом перечне присутствуют и зоонозы (возбудители этой группы болезней паразитируют в организме некоторых животных, принимая его за естественный резервуар). В постоянно развивающемся птицеводстве любая микрофлора из‑за рециркуляции и частых пассажей может увеличить вирулентные свойства и стать серьезной эпизоотической и эпидемиологической угрозой. Ко всему этому добавляется тот факт, что болезнетворная микрофлора может сохранять жизнеспособность на протяжении очень долгого времени, особенно в отходах (возбудители сальмонеллеза и колибактериоза — до 12 мес., туберкулеза — 18 мес.).
Территория в радиусе 15 км страдает от загрязнений, в почве и открытых водоемах можно обнаружить опасные вещества от фабрик. Что касается воздуха, концентрация микроорганизмов в полукилометре от животноводческого объекта уменьшается только в 2 раза от их количества в 100 м от фабрики. Одно из самых неприятных проявлений такого предприятия — запах, который распространяется на большие расстояния, особенно при порывах ветра. Зимой его можно почувствовать на расстоянии около 500 м от источника, летом он распространяется намного дальше — до 5 км. В зловонных газах содержится свыше 50 соединений: аммиак, амины, летучие жирные кислоты, спирты, сероводород, карбонилы, альдегиды, меркаптаны, эфиры и др. Проблемы, которые они влекут за собой, многообразны, начиная от рвотного рефлекса и головной боли вплоть до раздражения слизистой. У некоторых людей затрудняется дыхание, появляется бессонница и теряется аппетит.