В 1982 г. в диссертационном совете Харьковского сельскохозяйственного института защитил кандидатскую, а в 2002 г. в СибНИЭСХ докторскую диссертацию. В 2004 г. присвоено ученое звание профессора.
Он известный педагог на ниве землеустроительного образования. Читает лекции и проводит занятия для бакалавров, магистров и аспирантов по современным и актуальным дисциплинам «Современные проблемы землеустройства кадастра» «Теоретические основы землеустройства», «Экономика землеустройства и землепользования», «Маркетинг недвижимости», «Экономико-математическое моделирование в землеустройстве», «Ленд-девелопмент», «Управление земельными ресурсами», «Землеустройство, кадастр и мониторинг земель». Проводил занятия с руководителями и специалистами АПК и «Роснедвижимости» по актуальным проблемам земельного реформирования и использования земли. В течение всего периода работы руководил более чем 430 дипломниками. Руководил выпускными работами обучающихся по президентской программе. В течение 16 лет (1987–2003 гг.) руководил кафедрой землеустройства. 15 лет (2000–2014 гг.) работал проректором по образовательной деятельности университета.
Рогатнев Ю.М. активно принимает участие в развитии землеустроительного образования Российской Федерации, в частности принимал участие в разработке стандарта 2 поколения и ФГОС по направлению «Землеустройство и кадастры». Является членом ФУМО по УГС 21.00.00 «Прикладная геология, горное дело, нефтегазовое дело и геодезия» и председателем Регионального учебно-методического центра в области землеустройства и кадастров вузов Сибирского административного округа Российской Федерации (Сиб. РУМЦ). С 2008 г. — академик Международной академии аграрного образования.
Рогатнев Ю.М. активно занимается научной деятельностью. Юрий Михайлович признанный руководитель научной школы «Оценка и организация использования земель». Руководит научной подготовкой 5 аспирантов и соискателей кандидатской степени. Под его руководством в последние 15 лет защищено 10 кандидатских диссертаций. С 2004 по 2007 г. — член межгосударственного специализированного совета по защите докторских диссертаций в Казахском агротехнологическом университете (Астана, Республика Казахстан). С 2004 по 2009 г. — председатель диссертационного совета в Омском государственном аграрном университете. В 2007–2017 гг. член диссертационных советов в Новосибирском аграрном университете и в СибНИЭСХе. С 2018 г. по настоящее время заместитель председателя диссертационного совета в Сибирском ФНЦ Агробиотехнологий РАН. Являлся официальным оппонентом 10 диссертационных работ, в том числе 2 на соискание ученой степени доктора наук.