Для устойчивого использования ресурсов водных экосистем необходимо сохранение запасов воды, восстановление ее качества, поддержание рыбных запасов, сохранение биологического разнообразия, охрана уникальных водных объектов. Решение комплекса этих задач является наиболее сложным аспектом разработки и реализации природоохранной стратегии целом. Следует учитывать и экономическую подоплеку рассматриваемого вопроса, исходя из декларируемой проблемы сохранения биоразнообразия наряду с устойчивым использованием ресурсов. В этом ракурсе поддержание биоразнообразия рыбного населения осложняется как значимостью рыбных запасов в экономике регионов, так и своеобразием их эксплуатации. Водные экосистемы отличаются высокой степенью пространственного перекрывания экониш промысловых и редких видов, что затрудняет их избирательную рыбодобычу. Кроме того, освоение биологических ресурсов связано с возможностями промысловой базы, определяющей не столько селективность по отношению к отдельным видам, сколько размерную избирательность промыслового изъятия рыб. Ценные виды рыб, уязвимые с точки зрения их сохранения, обычно имеют большую экономическую значимость, соответственно, являются предметом лоббирования для принятия мер охраны, в частности внесения в Красные книги.
На примере водоемов Вологодской области можно выделить три группы популяций редких видов рыб по отличиям мер их охраны и уровню промысловой эксплуатации. К первой группе относятся рыбы, занесенные в Красную книгу РФ и Красную книгу Вологодской области, добыча которых запрещена. Местообитания «краснокнижных» видов должны исключаться из хозяйственного использования, но, к сожалению, многочисленные нарушения законодательства увеличивают угрозу их исчезновения. Вторую группу составляют ценные промысловые виды арктического комплекса, чувствительные к ухудшению условий обитания, что отражается в многолетнем тренде сокращения численности. Их промысловое изъятие регулируется квотами на основе ежегодной научно обоснованной оценки оптимально допустимых уловов (ОДУ). В третью группу входят редкие виды с сокращающейся численностью и некоторые из них внесены в Красную книгу Вологодской области в список видов, требующих зоологического контроля [12]. Для представителей этой группы ОДУ не оцениваются, и их добыча практически не контролируется (рис. 1).