Актуальность проблемы. Муксун Coregonus muksun (Pallas, 1814) — сибирский представитель сиговых рыб, один из самых ценных промысловых видов Севера России. Из-за ряда негативных факторов (чрезмерной промысловой нагрузки, браконьерского лова, загрязнения и зарегулирования рек, трансформации нерестилищ, а также климатических изменений) запасы природных популяций этого вида находятся в критическом состоянии [1]. В связи с этим в Западной Сибири промысел данного вида резко ограничен. Обская популяция муксуна, некогда самая многочисленная, в настоящее время находится под угрозой исчезновения и поддерживается преимущественно выпусками личинок с рыборазводных заводов [10].
Для восстановления запасов муксуна в Ханты-Мансийском и Ямало-Ненецком автономных округах практикуется компенсационное воспроизводство — искусственная инкубация эмбрионов, полученных от диких производителей, и выпуск личинок и подращенной молоди в места обитания природных популяций. Товарное рыбоводство сиговых рыб также развивается, но довольно медленно, так как сопряжено с рядом методических трудностей из-за особенностей биологии сигов [4; 6].
Для проведения научно обоснованных мероприятий по восстановлению запасов муксуна требуется изучение его генетических особенностей как из природных, так и из искусственно культивируемых популяций. Применение методов популяционно-генетических исследований, основанных на изучении полиморфизма ДНК, позволяет решать широкий круг прикладных задач рыболовства и рыбоводства [7]. Для осуществления генетического мониторинга сиговых рыб в процессе воспроизводства могут быть использованы мультилокусные ДНК-маркеры. Их преимущества заключаются в возможности дать генетическую оценку полиморфизма множества (до 20) локусов генома в одном ПЦР-тесте и повысить число локусов путем увеличения числа тестов. Это особенно важно для мониторинга на ранних стадиях развития из-за незначительных размеров эмбрионов и личинок сиговых рыб, из которых удается получить очень небольшое количество ДНК для анализа. К числу таких маркеров относятся межмикросателлитные последовательности (Inter Simple Sequence Repeat — ISSR), которые сочетают преимущества микросателлитов (SSR) и полиморфизма длины амплифицированных фрагментов (AFLP) с универсальностью случайной амплификации полиморфной ДНК (RAPD). ISSR-маркеры обладают высокой степенью полиморфизма и полезны в исследованиях генетического разнообразия и мечения генов [12].