История института началась 10 марта 1921 года, когда был подписан Декрет об организации Плавморнина — Плавучего морского научного института. Этот институт стал первой вехой истории. Сначала он базировался в Архангельске, так как в Мурманске в те годы не было подходящих условий. В 1922 году в институте появляется легендарный «Персей» — первое судно Полярного института и первое советское.
В 1929 году произошла реорганизация научных учреждений. Плавморнин соединили с Мурманской биологической станцией. Новый институт получил название «Государственный океанографический институт» (ГОИН). Базировался ГОИН на берегу незамерзающей Екатерининской гавани Кольского залива в Александровске (ныне — Полярный) [3].
Дальнейшие реорганизации привели к созданию 17 февраля 1934 года ПИНРО — Полярного научно-исследовательского института морского рыбного хозяйства и океанографии, а в 1935 году институту присвоили имя Н.М. Книповича в связи с 50-летием творческой и научной деятельности ученого.
В 1930-х и до середины 1950-х годов работа института была сосредоточена на освоении Баренцева моря — от Гусиной банки на востоке до Медвежинско-Шпицбергенского района на западе. К концу 1950-х годов изучены запасы атлантическо-скандинавской сельди в Норвежском море и шельф Канады.
Однако уже 1970–1980-е годы сотрудники ПИНРО работают от Арктики до Антарктики. Они проводят исследования в Баренцевом, Белом, Карском морях, в Атлантике, на внутренних водоемах Севера России. В тесном сотрудничестве с рыбаками Северного рыбохозяйственного бассейна ученые Полярного филиала внедряют и совершенствуют способы и орудия лова, разрабатывают передовые методы промыслового прогнозирования, биотехнологии выращивания ценных видов рыб и беспозвоночных [3].
Даже в 1990-х годах, несмотря на сложные условия и малые объемы финансирования, институт продолжает свои научные изыскания.
В новом, XXI веке сотрудники института идут в ногу со временем. Институт получает новые суда, которые позволяют расширить и углубить исследования морей и океанов. В 2004 году совместно с Бергенским институтом морских исследований (Норвегия) начинается масштабная съемка Баренцева моря, получившая название «экосистемная».