В конце 1980-х гг. в СССР произошло много крупномасштабных чрезвычайных ситуаций (ЧС), в том числе и на железнодорожном транспорте (крушения на ст. Користовка, ст. Каменская, ст. Бологое, взрывы на ст. Арзамас, ст. Свердловск-Сортировочный, ст. Алма-Ата, перегоне Уфа-Челябинск и др.), сопровождавшихся большими человеческими жертвами. Опыт ликвидации последствий этих ЧС показал, что нацеленная на работу в условиях военного времени медицинская служба гражданской обороны оказалась не в состоянии своевременно и качественно выполнить необходимый комплекс медико-санитарного обеспечения при возникновении очагов массовых санитарных потерь среди мирного населения. Это обусловило необходимость в научной проработке возникшей проблемы и организации системы экстренной медицинской помощи в чрезвычайных ситуациях при возникновении железнодорожных инцидентов. С начала 1990-х гг. и по настоящее время данное направление стало одним из приоритетных в деятельности отраслевого здравоохранения и ВНИИЖГ.
Уже на начальном этапе решения проблемы накопленный опыт и результаты отдельных исследований (Цветкова Л.И., Базазьян А.Г., Скопина Т.Е. и др.), позволили разработать новую классификацию аварийных происшествий на железнодорожном транспорте, инструкцию по организации экстренной медицинской помощи пострадавшим, медико-технические требования к проектированию и табели оснащения «Блока скорой помощи» на железнодорожном ходу, включающего вагон-операционную, вагон для реанимации и интенсивной терапии и вагон для тяжелопораженных. Для лечебно-профилактической сети железных дорог было издано «Положение о выездных врачебных бригадах постоянной готовности на железнодорожном транспорте» (№ ЦУВС-11-64 от 27.11.1995), которым определялись функциональные обязанности медицинской аварийной, хирургической и реанимационной бригад, порядок их формирования и организации работ в условиях ЧС.
В то же время оценка опыта ликвидации медико-санитарных последствий крупномасштабных железнодорожных катастроф выявила нерешенность ряда важных организационных вопросов. Так, на эффективности медицинского обеспечения негативно отражались не только дефицит, но и недостаточная подготовка отраслевых медицинских сил и средств, отсутствие согласованности в их работе и должного взаимодействия с другими ведомствами, просчеты в оперативно-распорядительном обеспечении в условиях ЧС. Во многом это было связано с отсутствием основополагающих методических принципов и системы подготовки медицинских формирований и учреждений, привлекаемых к ликвидации последствий ЧС. Поэтому, когда была разработана и официально принята новая федеральная концепция по проблемам ЧС, деятельность железнодорожного здравоохранения в этом направлении приобрела более целенаправленный и качественный характер.