Историко-архитектурный и художественный музей «Новый Иерусалим» расположен на территории знаменитого памятника национальной истории и культуры – ансамбля подмосковного Воскресенского, Новоиерусалимского монастыря, основанного во второй половине XVII века Патриархом Московским и всея Руси Никоном. После событий 1917 года он стал одним из первых музеефицированных памятников Подмосковья.
Музей на территории упраздненного монастыря создан по инициативе Музейного отдела Наркомпроса РСФСР весной 1920 года, фактически – для сохранения и пропаганды его архитектурного и художественного наследия. В состав первых фондов вошли художественные сокровища монастырских храмов, ризница, а также монастырский музей памяти Патриарха Никона.
Первая экспозиция отрылась в 1925 году. В дальнейшем она тематически и объемно расширилась, и накануне Великой Отечественной войны музей в Истре обладал богатейшими историческими, краеведческими и художественными коллекциями и считался показательным для музеев своего региона.
Война наложила свой трагический отпечаток на дальнейшую судьбу и облик музея. Три последних месяца 1941 года Истра была прифронтовым городом, а потом две недели в ней хозяйничали фашисты. При отступлении они сожгли город, взорвали все памятники монастырского ансамбля, предварительно разграбив музей (только часть коллекций успели эвакуировать в Алма-Ату). Факт взрыва Нового Иерусалима и разорение музея вошли в обвинительное заключение знаменитого Нюрнбергского процесса, так же как и в список наших культурных потерь в ходе Второй мировой войны.
Основы послевоенной реставрации памятников Нового Иерусалима были заложены еще во время войны знаменитым русским и советским архитектором А.В. Щусевым, который вместе со своими сотрудниками провел архитектурные обмеры руинированных памятников и дал первые проектные предложения по реставрации монастыря. Основой возрождения музея стали возвращенные из эвакуации исторические и художественные коллекции, которые удалось спасти от разграбления и уничтожения. Практически вся вторая половина XX века была периодом подлинного возрождения музея.