История Национального музея Индонезии неразрывно связана с интеллектуальными и научными процессами, происходившими в Европе во второй половине XVIII века, в эпоху Просвещения. Именно тогда возникла идея создания научных обществ как центров познания и распространения знаний. Одним из таких институтов стало Батавское общество искусств и наук (Bataviaasch Genootschap van Kunsten en Wetenschappen), основанное в Джакарте 24 апреля 1778 года по инициативе голландской колониальной администрации. Прообразом этого учреждения послужила Нидерландская академия наук, основанная в Харлеме в 1752 году.
Батавское общество представляло собой независимую научную организацию, главной целью которой было развитие исследований в области естественных и гуманитарных наук, в том числе биологии, физики, археологии, этнологии, литературы и истории. Миссия учреждения отражалась в его девизе: Ten Nutte van het Algemeen — «На благо общества». Важной задачей общества также было издание научных трудов и создание общедоступной исследовательской базы.
Значительный вклад в формирование музея и библиотеки внес один из основателей общества — Я. К. М. Радермакер. Он пожертвовал здание в районе Калибесар, расположенном в торговой части Джакарты, а также обширную коллекцию культурных артефактов и книг. Эти фонды стали фундаментом будущего музея и научной библиотеки.
В период британского правления на Яве Батавское общество возглавил лейтенант-губернатор сэр Томас Стэмфорд Раффлз, активный сторонник музеев как просветительских институтов. По его распоряжению, в связи с переполненностью прежнего здания, был построен новый музей на улице Маджапахит, 3. Сегодня на этом месте располагается комплекс зданий Секретариата Государственного аппарата, неподалёку от президентского дворца.
К 1860-м годам коллекции общества значительно расширились, и прежнее здание перестало их вмещать. В 1862 году власти Голландской Ост-Индии приняли решение о строительстве нового здания музея на территории, известной сегодня как улица Медан Мердека Барат, 12. Публичное открытие музея состоялось в 1868 году.