Музей находится в небольшом поселке городского типа Пристань-Пржевальске, названном в честь знаменитого путешественника. Поселок находится на юго-восточном берегу озера Иссык-Куль, в очень живописном месте, в 12 км от города Каракола. Музейно-мемориальный комплекс представляет собой парк на высоком берегу озера площадью 9 га. На его территории расположены непосредственно могила, памятник и музей Н.М. Пржевальского, а также могила, памятник и музей Кусеина Карасаева, выдающегося киргизского и советского лингвиста.
На месте, где был похоронен Н.М. Пржевальский, сегодня установлен грандиозный памятник, увенчанный орлом. Памятник возвышается над озером на большом постаменте, выложенном в виде скалы, в клюве орел держит оливковую ветвь. Вокруг могилы исследователя разбит большой парк общей площадью 9 га, на территории которого расположено несколько объектов. Прежде всего это могила Н.М. Пржевальского, а также памятник и музей, в котором представлена большая коллекция его личных вещей, которые он использовал в походе. В экспозиции можно увидеть многочисленные оригиналы рукописей и писем, чучела животных, которые Пржевальский во время своих путешествий делал самостоятельно.
В 1998 году в Киргизии скончался выдающийся советский и киргизский лингвист, тюрколог, литературовед, участник создания современного киргизского алфавита Кусеин Карасаев. На уровне высшего руководства республики было принято решение похоронить ученого на территории мемориального комплекса. В 2001 году на территории парка был открыт памятник Карасаеву, а в 2013 году распахнул для гостей свои двери музей. Открытие музея было приурочено к празднованию Дня государственного языка Киргизии.
Также на территории комплекса находится православная часовня, которая была освящена в 1996 году Святейшим Патриархом всея Руси Алексием II.
В своей пятой экспедиции Николай Михайлович Пржевальский направлялся через Самарканд к русско-китайской границе. Исследования ученого не были связаны с флорой или фауной Киргизии, он направлялся в удаленные регионы Тибета в поисках бывшей столицы Лхасы. В 1888 году во время охоты в долине реки Кара-Балта он искупался в реке и глотнул воды вопреки собственным предписаниям. Вскоре выдающийся путешественник почувствовал себя плохо, врачи диагностировали у него брюшной тиф. Через несколько дней Пржевальский скончался.