В настоящее время уже существуют четкие, законодательно закрепленные регламенты постановки, организации и проведения внутреннего контроля в государственных (бюджетных) учреждениях. Бюджетные учреждения исходя из целей и задач деятельности по выполнению государственного задания планируют, организуют и проводят мероприятия по внутреннему контролю. В целях оптимизации процедур внутреннего контроля бюджетные учреждения разрабатывают Положение по внутреннему контролю.
Система внутреннего контроля в бюджетном учреждении требует четкого разделения обязанностей субъектов контроля (лиц, осуществляющих проверку). Бюджетное учреждение самостоятельно распределяет ответственность по проведению внутреннего контроля между отделами в зависимости от их функций. При этом важными факторами являются гибкость организационной структуры бюджетного учреждения, способность совершенствоваться в зависимости от изменений внешней среды и поставленных целей и задач. Внутренний контроль осуществляется посредством определенного количества мероприятий, которые в совокупности в итоге имеют целью выявить имеющиеся нарушения и факторы, тормозящие развитие предприятия, а также за счет этого минимизировать возможные риски в ходе осуществления производственной деятельности.
Любое бюджетное учреждение должно самостоятельно разрабатывать и внедрять элементы системы внутреннего контроля на каждом структурном уровне (отделе) в целях обеспечения в первую очередь эффективного и результативного использования бюджетных средств. Система внутреннего контроля в бюджетном учреждении должна быть организована таким образом, чтобы максимально быстро и оперативно выявлять нарушения и недочеты, которые могут повлиять на формирование достоверной внешней отчетности, нарушить выполнение государственного задания, а также снизить эффективность его деятельности.
Особенности постановки и организации системы внутреннего контроля в бюджетном учреждении зависят от организационной структуры бюджетного учреждения, объемов государственного задания, наличия специалистов в этой области. Факторами, влияющими на эффективность системы внутреннего контроля этого типа учреждений, являются: