Предлагаемая концепция ГИС имеет в своём составе, кроме занимающего узловое положение собственно информационного блока, логически и технологически связанные с ним и между собой научно-исследовательские блоки, в программном обеспечении которых должны быть реализованы методы и модели для выполнения геоинформационных операций анализа, оценки, прогноза и планирования природопользования в регионе. Её информационная составляющая ориентирована на сбор, систематизацию, хранение, обновление, обработку и распространение информации о наличии, состоянии, потенциале, взаимосвязях, качестве и использовании природных ресурсов в регионе, а научно-исследовательские — на анализ имеющейся информации, оценку и прогноз состояния природных ресурсов, а также подготовку рекомендаций по совершенствованию и решений по развитию системы природопользования в регионе.
Важные отличия предлагаемой ГИС от существующих состоят в том, что её объектами являются не отдельные виды ресурсов, а все используемые, а также связи и отношения между ними, вместе образующими целостные природно-антропогенные комплексы, что позволяет с её помощью формировать полноценные геоинформационные модели природных ресурсов, проводить всесторонние их исследования и тем самым получать обоснованные оптимальные решения по их использованию, охране, восстановлению и планированию.
Информационный блок, согласно концепции, содержит не только первичные актуальные данные о природных ресурсах, которые используются в исследовательских блоках, но и полученные их средствами знания, которые в совокупности в режиме публичного портала доступны для всех заинтересованных в ней разнообразных пользователей. Этот блок в разрезе частей, состоящих из разделов, представленных содержательно взаимосвязанными комплектами цифровых тематических карт, имеет следующую структуру. Первая часть «Природные условия» включает в себя разделы: Рельеф и гидрография; Природные и природно-антропогенные ландшафты; Почвы; Климат; Геология и геоморфология. Вторая часть «Социально-экономические условия» состоит из разделов: Население и расселение; Инфраструктура; Промышленное производство; Сельскохозяйственное производство; Непроизводственная сфера и сфера услуг. Третья часть «Природные ресурсы» состоит из разделов, посвящённых основным видам природных ресурсов: Земельные; Лесные; Водные; Минерально-сырьевые; Растительные (кроме лесных); Животного мира; Рекреационные. Четвёртая часть «Природно-ресурсный комплекс (ПРК)» имеет разделы: Состав, отношения и связи; Районы (подкомплексы); Связи ПРК с природным комплексом (ПК); Связи ПРК с социально-экономическим комплексом (СЭК); Экологическое состояние и потенциал; Экономическое состояние и потенциал; Эколого-экономический баланс; Динамика и прогноз состояния и использования; Рекомендации по восстановлению, использованию и развитию ПРК.