Управление конфликтами интересов как способ профилактики коррупционных правонарушений в таможенных органах имеет свою специфику, обусловленную особенностями сферы деятельности ФТС России и ее подразделений. В частности, к таким особенностям относятся: правовой статус работников таможенных органов как государственных гражданских служащих; значительная роль таможенных органов в исполнении фискальных обязательств перед государственным бюджетом за счет администрирования платежей, связанных с перемещением товаров и транспортных средств через границу Российской Федерации; участие ФТС России в оказании государственных таможенных услуг; особый порядок подбора, обучения, кадрового распределения государственных служащих таможенных органов, их социального обеспечения; реализация таможенными органами контрольно-надзорных функций; неподконтрольность институтам общественного контроля. В связи с этим конфликты интересов, возникающие у должностных лиц таможенных органов, представляют особую опасность, и их своевременное и полное урегулирование является одной из наиболее значимых задач таможенных органов.
Первичным элементом системы мер, направленных на управление конфликтами интересов в таможенных органах, выступает предотвращение конфликтов интересов при поступлении лиц на службу в таможенные органы. В частности, руководителями соответствующих подразделений таможенных органов, кадровыми службами учитываются персональные данные соискателя и сведения о соискателе, связанные с поступлением на службу в таможенные органы, в том числе сведения о его родстве (свойстве), о наличии у него корпоративных отношений с коммерческими и некоммерческими организациями, о владении долями в организациях, влияющими на возможность принятия управленческих решений.
Также анализ конфликта интересов осуществляется при определении должностных обязанностей, поручений, выдаваемых служащему таможенных органов.
Действующим законодательством предусмотрен широкий перечень мер, направленных на управление конфликтами интересов, в том числе и в таможенных органах.