В сентябре 2021 года Зерновым союзом была признана проблема нелегального экспорта зерновых культур, в том числе масличных, из России в Казахстан. Минсельхозом было предложено возвращение фитосанитарного контроля на границе, а также введение мер по отслеживанию перемещения товарных партий, в результате которых сотрудникам МВД и ФСБ России будет предоставлен доступ к сведениям о выданных на каждую из пересекающих границу партий сертификатах, а также к сведениям о задействованных в перевозке транспортных средствах. При этом правительство Казахстана может быть не согласно с такими мерами, так как ранее на уровне ЕАЭС также обсуждалась унификация экспортного регулирования пшеницы, в том числе отслеживание происхождения товаров, однако действительных результатов достигнуть еще не удалось. Также усиление контроля товара, перемещаемого между двумя странами ЕАЭС, может рассматриваться в качестве несоблюдения соглашения в рамках ЕАЭС, одной из основных идей которого является свобода передвижения товаров в пределах Союза. Дополнительно реализация контрольных мер на практике может быть затруднена, так как, по словам председателя правления Союза экспортеров зерна, пропускные пункты не оборудованы весами, вследствие чего тоннаж товарных партий не может быть проконтролирован [2; 9].
Другой проблемой, также охватывающей взаимную торговлю России и Казахстана, является отмеченный президентом Российского зернового союза факт того, что беспошлинно вывезенное из России в Казахстан зерно затем подвергается казахстанскими компаниями реэкспорту в третьи страны [2]. В результате этого российские производители упускают возможность поставлять товар за рубеж по, возможно, более высоким ценам и открывать новые рынки, а российский бюджет упускает возможный доход от пошлин за поставки в третьи страны.
Что касается пошлин, то упомянутая проблема угрозы нелегальных поставок из России в Казахстан может рассматриваться в качестве последствий системных ограничений на экспорт российских зерновых культур, в результате которых производителю стало менее выгодно экспортировать товар за пределы ЕАЭС. Так, в апреле 2020 года Правительством России было начато квотирование вывоза зерна, не затронувшее только страны Союза. В 2021 году, с 15 по 28 февраля, в России вывоз пшеницы в третьи страны внутри квоты подлежал обложению пошлиной в €25 за тонну, а далее было запланировано ее повышение до €50 за тонну. Также с 15 марта были введены пошлины на кукурузу и ячмень по €25 и €10 за тонну соответственно. Квота на экспорт зерновых культур составляла 17,5 млн т, а экспорт сверх квоты облагался пошлиной размером 50% от таможенной стоимости продукции и при этом не менее €100 за тонну. Со 2 июня была запущена плавающая пошлина на отгрузки за рубеж пшеницы, ячменя и кукурузы. Целью введения пошлин было способствование развитию экспорта товаров сельскохозяйственной отрасли с высокой добавленной стоимостью, то есть с высоким уровнем переработки, и, соответственно, снижению экспорта необработанного зерна [6; 8]. Зерновым союзом сокращение экспорта зерновых из России было оценено в 15%.