Федеральным законом от 29.12.2015 № 386-ФЗ в отношении услуг по перевозкам пассажиров и багажа железнодорожным транспортом общего пользования в дальнем сообщении действует ставка НДС в размере 10 %.
Данная ставка не распространяется на услуги, указанные в подп. 4 п. 1 ст. 164 НК РФ, а именно: на услуги по перевозке пассажиров и багажа при условии, что пункт отправления или пункт назначения пассажиров и багажа расположены за пределами территории РФ, при оформлении перевозок на основании единых международных перевозочных документов. Здесь и так установлена нулевая ставка НДС. «Льготная» ставка на дальние перевозки действует с 01.01.2016 по 31.12.2017.
До 01.01.2017 продлено действие нулевой ставки по НДС, установленной пп. 4.1 п. 1 ст. 164 НК РФ. Она установлена для услуг по внутренним воздушным перевозкам пассажиров и багажа при условии, что пункт отправления или пункт назначения пассажиров и багажа расположен на территории Крыма. Соответственно, до этой даты продлевается и действие п. 6.1 ст. 165 НК РФ.
Для подтверждения права на применение нулевой ставки нужно представить в налоговый орган реестр перевозочных документов по перевозке пассажиров и багажа, определяющих маршрут перевозки с указанием в нем номеров перевозочных документов, пунктов отправления и назначения, даты оказания услуг, стоимости услуг по перевозке пассажиров и багажа.
Федеральным законом от 29.12.2015 № 396-ФЗ расширен перечень операций, не признаваемых объектом обложения НДС. С 29 декабря 2015 г. п. 2 ст. 146 НК РФ дополнен подп. 9.3, согласно которому передача в собственность на безвозмездной основе образовательным и научным некоммерческим организациям на ведение уставной деятельности государственного или муниципального имущества, не закрепленного за государственными или муниципальными предприятиями, и находящегося в составе государственной или муниципальной казны, не облагается НДС. Следует отметить, что действие данной нормы распространено на правоотношения, возникшие с 1 декабря 2015 г.