Основной особенностью функционирования отечественного здравоохранения на современном этапе является дуальный характер управления данной отраслью экономики.
В соответствии с действующей нормативной правовой базой функцию управления здравоохранением в России осуществляет федеральное Министерство здравоохранения, а на территории субъектов Федерации — органы исполнительной власти в лице управлений, комитетов, департаментов и министерств (актуальные самоназвания органов исполнительной власти, отвечающих за региональное здравоохранение). Полномочия и ответственность перечисленных управляющих здравоохранением структур определены Федеральным законом от 21.11.2011 № 323-ФЗ «Об основах охраны здоровья граждан в Российской Федерации» и различными подзаконными актами (постановлениями Правительства РФ и приказами Минздрава России).
Одной из основных функций органов управления здравоохранения как на федеральном, так и на региональном уровне является формирование и выполнение программы государственных гарантий, оказываемых гражданам России на безвозмездной основе за счет средств бюджетов различных уровней и средств системы обязательного медицинского страхования (ОМС).
Данная программа охватывает практически все виды лечения и профилактики заболеваний, за исключением косметологии и зубопротезирования, и использует большую часть финансовых ресурсов, выделяемых государством на цели здравоохранения.
Основная задача региональных органов управления здравоохранением (РОУЗ) — рационально скомпоновать все имеющиеся в регионе ресурсы здравоохранения (врачебный персонал, медицинское оборудование, больницы и поликлиники и пр.) для обеспечения максимальной доступности медицинских услуг населению в рамках государственных гарантий.
Данная задача решается административно-управленческими и финансово-экономическими мерами. При этом только часть финансовых ресурсов находится в непосредственном управлении РОУЗ (для разных регионов от 10 до 25% всей стоимости территориальной программы). Остальные ресурсы (75–90%) сосредоточены в системе обязательного медицинского страхования и формируются из страховых взносов. Ответственным администратором этих ресурсов является территориальный фонд ОМС (ТФОМС), административно не подчиненный РОУЗ.