Ханство Коканда под управлением кыргызов обеспечило безопасность Восточного Туркестана, в частности, против Китая, армией, состоящей из кыргызов. Это привело к влиятельности в районе Хоканова. Однако эта ситуация вызвала ревность у Эмирата Бухары и стала причиной конкуренции между двумя тюркскими государствами вплоть до войны. После того как Коканд был осажден и разграблен Бухарой в 1842 г., Коканд снова стал независимым, но больше не мог восстановиться. Кокандское ханство, ослабленное борьбой между ханством двух братьев, было подвергнуто вмешательству Российской империи под предлогом подавления народного мятежа и российских нападений.
С начала XVIII в. инициативами российского царя Петра I и, в частности, под влиянием поражения в Прутском походе в 1711 г. российский интерес к Туркестану начал возрастать [1]. Основой этого интереса была конкуренция между великими государствами, сформированная экономической концепцией того времени, борьбой за господство над коммерческими дорогами и социальнополитической, экономической и геополитической ситуацией в регионе в рамках этих конфликтов [2]. В VIII в. попытки русских двигаться в сторону Туркестана увеличились, но не было попыток прямой оккупации. Деятельность царской России в этом столетии можно рассматривать как этап взятия под свою власть и распознаваниеТуркестана дипломатическими путями. В этот период, с конца XVI в., русские, воспользовавшись внутренними усобицами приграничных своих соседей казахов, пытались взять под свой контроль казахские племена [3], таким образом, казаки были первыми из туркестанских тюрков, которых они взяли под свой контроль.
Во второй четверти XIX в. (1824–1854 гг.) русские принялись за дело и присоединили к своим владениям земли казахских джузов, где до этого они могли вмешаться во все дела [4]. Сразу после этого в третьей четверти они оккупировали туркестанские ханства (Коканд, Бухару, Хиву) и взяли их под свою власть [5].
В 1847 г. был основан замок Копак, а в 1854 г. — Алма-Ата, и на севере кыргызами были заняты Узун Агач, Пишпек и Токмак. В 1861 г. окрестность Иссык-Кульского озера была захвачена русскими. В 1867 г. часть Кыргызстана была включена в провинцию Едису, связанную с провинцией Туркестан, и часть ее была объединена с областями Сыр-Дарья и Фергана [6].