Начало активного развития финансового контроля следует отнести к середине ХХ столетия. Именно в этот период на территории развитых западных государств начались процессы разделения государственного финансового контроля (ГФК) на внешний (осуществляемый независимыми органами, подотчетными парламентам государств либо входящими в судебную ветвь власти) и внутренний (осуществляемый органами исполнительной власти). При этом существенно расширились цели ГФК. Если ранее единственной целью ГФК являлось выявление финансовых нарушений, то с этого момента финансовый контроль получил новую область развития — как способ повышения эффективности объекта контроля через выявление актуальных проблем в рассматриваемой сфере деятельности и формирование предложений по их решению.
С распадом СССР постсоветские государства стали заимствовать западный опыт при построении собственных систем финансового контроля, при том что каждая из стран выбрала свое направление развития данной области. Несмотря на попытки стандартизации систем финансового контроля через принятие в 2004 году Ассамблеей государств — участников СНГ модельного закона о государственном финансовом контроле, сегодня системы ГФК существенно различаются в каждой из стран СНГ. К примеру, в Республике Казахстан достигнута высокая степень централизации такой системы через принятие единого закона о государственном аудите и финансовом контроле [1]. В России сформирована иная система через деление полномочий и методического обеспечения органов внешнего (Счетная палата РФ, контрольно-счетные органы субъектов РФ, муниципальных образований, федеральных территорий) и внутреннего (Федеральное казначейство, органы финансового контроля субъектов РФ и муниципальных образований) финансового контроля.
Существенные различия в методическом обеспечении ГФК в России привели к ситуации, когда аудит эффективности стал прерогативой органов внешнего ГФК, в то время как деятельность органов внутреннего ГФК долгое время была направлена исключительно на выявление и пресечение финансовых нарушений. Несмотря на утверждение в 2020 году федеральных стандартов внутреннего ГФК, носящих в большей степени процессуальный характер и не содержащих методик оценки эффективности деятельности объекта контроля, на практике подход к проведению внутреннего ГФК в стране постепенно трансформируется. В зависимости от конкретного региона или муниципального образования вектор ГФК видоизменяется, выводя на первый план оценку эффективности различных сторон деятельности объекта контроля.