Хотя ППК являются структурно независимыми от «РЖД», но в то же время они взаимосвязаны с железнодорожным монополистом России: ППК берут в аренду пассажирские поезда у «РЖД», приобретают во временное владение и пользование здания для ремонта подвижного состава.
Главный источник доходов ППК — это не только пассажиры, но и средства федерального, регионального бюджетов. Последние осуществляют субсидирование нерентабельных перевозок, компенсируют ППК выпадающие доходы. Однако если федеральный бюджет исполняет подобные обязанности перед ППК в срок, то региональные операторы часто не получают необходимых средств. Причина — недостаточность денег в региональной казне.
Экономический рост России, о котором много говорят в посланиях Президента РФ Федеральному Собранию, поручениях президента и в федеральных законах, зиждется в первую очередь на развитии транспортной инфраструктуры. Доступный и действенный транспорт позволяет улучшить мобильность населения, а также нормализовать деятельность других отраслей производства.
Мировой опыт показывает, что региональные перевозки всегда являются социально значимыми, они не приносят серьезного дохода компаниям. Это предполагает, что региональные власти, поддерживая мобильность населения, субсидируют подобные перевозки.
Кроме того, региональные пассажирские компании внедряют для своих клиентов дополнительные услуги, которые серьезно пополняют их бюджет: так, например, активно используется правило бронирования билетов прямо в поезде.
В 2011 году из состава «РЖД» вывели структурные подразделения, которые занимаются исключительно пассажирскими перевозками. Эти компании получили название пригородных пассажирских компаний.
Реорганизация, произведенная внутри «РЖД», привела к тому, что региональные пассажирские перевозки перестали финансироваться за счет грузовых (считалось, что последние являются доходными, а пассажирские априори убыточны).
Сейчас на территории государства существует 24 компании на территории 73 субъектов РФ. В большинстве компаний «РЖД» имеют свою долю акций — например, такая ситуация складывается с АО «Алтай-Пригород», Байкальской ППК, Башкортостанской ППК. Некоторые компании существуют независимо от центрального руководства — Пермская пригородная компания, «Пермский экспресс», ЦППК.