Установление денежной выплаты за отпуск по совмещаемой должности не будет соответствовать трудовому законодательству.
В соответствии со ст. 60.2 ТК РФ с письменного согласия работника ему может быть поручено выполнение в течение установленной продолжительности рабочего дня (смены) наряду с работой, определенной трудовым договором, дополнительной работы по другой или такой же профессии (должности) за дополнительную оплату.
При этом ТК РФ не предусматривает специальных правил, регулирующих предоставление отпусков работникам, совмещающим профессии (должности). Очевидно, это связано с характеристикой совмещения как работы, сопутствующей основной трудовой деятельности работника: работник, согласившийся на совмещение, обязан выполнять дополнительную работу лишь в те временные отрезки, когда он выполняет работу основную. Соответственно, выполнение работником дополнительной работы, порученной ему в порядке ст. 60.2 ТК РФ, не предполагает предоставления самостоятельного отпуска (в отличие от работы по совместительству) (смотрите разъяснения представителей Роструда в вопросе-ответе 1, вопросе-ответе 2 с информационного портала «Онлайнинспекция.РФ», а также апелляционное определение СК по гражданским делам Забайкальского краевого суда от 03.02.2015 по делу № 33-286/2015).
Таким образом, сотруднику, выполняющему дополнительную работу в рамках совмещения должностей, как в Вашем случае, ежегодный отпуск предоставляется только по основной должности.
Согласно ст. 114 ТК РФ предоставление работникам ежегодного отпуска предполагает сохранение за ними места работы (должности) и среднего заработка. Для всех случаев определения среднего заработка, предусмотренных Трудовым кодексом РФ, установлен единый порядок его исчисления, предусмотренный ст. 139 ТК РФ и Положением об особенностях порядка исчисления средней заработной платы, утвержденным постановлением Правительства РФ от 24.12.2007 № 922 (далее – Положение № 922).
Отметим, что средний заработок необходимо отличать от заработной платы, под которой понимается вознаграждение за труд в зависимости от квалификации работника, сложности, количества, качества и условий выполняемой работы, в том числе и условий, отклоняющихся от нормальных (часть первая ст. 129 ТК РФ). При совмещении должностей работник считается работающим в условиях, отклоняющихся от нормальных (ст. 149 ТК РФ), поэтому доплата, выплачиваемая ему за совмещение, является компенсационной выплатой и является частью заработной платы (смотрите также п. 4.1.2 Положения).