Он родился в г. Скопине Рязанской области 5 октября 1941 г. Отец, С.Г. Корнилов, полярный летчик, затем военный и партийный работник, погиб на фронте в том же 1941-м. Мать, В.З. Хоружая, одна из руководителей партизанского подполья в Витебске, Герой Советского Союза, погибла в следующем, 1942 г. Воспитывался родственниками матери.
В 1958 г., после окончания средней школы в Москве, поступил на физический факультет МГУ. В 1964 г. окончил его на кафедре квантовой теории и статистической физики. В 1967 г. окончил аспирантуру Математического института им. В.А. Стеклова (МИАН) под руководством М.К. Поливанова. Тема кандидатской диссертации — «Проблемы аксиоматической теории рассеяния». Сотрудник МИАН (с 1967 г.). Доктор физико-математических наук (1976 г.). Тема докторской диссертации — «Алгебраическая квантовая теория поля с правилами суперотбора».
Профессор философии Института философии РАН. Профессор Новгородского государственного университета им. Ярослава Мудрого. Профессор кафедры сравнительных исследований религиозных традиций при ЮНЕСКО. Основатель и директор Института синергийной антропологии (2005 г.). Член редакционной коллегии журнала «Визуальная теология».
Редактор изданий трудов П. Флоренского, С. Булгакова, Л. Карсавина; председатель Комиссии по распространению философского наследия П. Флоренского, Л. Карсавина, А. Лосева; член редколлегии журнала «Богословские труды» (теоретические работы).
Известен как переводчик и комментатор многих произведений писателя Джеймса Джойса. Совместно с В.А. Хинкисом перевел 1000-страничный роман «Улисс». Кроме «Улисса», перевел «Эпифании», повесть «Герой Стивен», первый роман Джойса «Портрет художника в юности» и сборник новелл «Дублинцы».
Хоружий является основоположником синергийной антропологии, предлагая взамен метафизического и эссенциального взгляда на человека «энергийную» модель («человек как совокупность энергий»). Человеческое существование истолковывается как синергия, то есть совмещение природного и сверхприродного. Целью этого существования является теозис как «онтологическая трансформация», ведущий к преодолению «антропологической границы» и слиянию человека с миром божественного. Оптимальной «антропологической стратегией» (стилем жизни) признается аскеза, основанная на «духовных практиках» и «лествице восхождения». Особое место в философии Хоружего занимает тема виртуальной реальности, которая воспринимается как образ реальности, выдаваемый за саму реальность, но при этом обладающий «недовоплощенным состоянием», аналогичным алкогольному или наркотическому трансу и галлюцинациям.