1. С 01.01.2016 Банк России не устанавливает самостоятельное значение ставки рефинансирования, поскольку оно будет приравниваться к значению ключевой ставки, (в настоящее время – 11 %), что при исчислении пеней у налогоплательщика приводит к увеличению их размера с 01.01.2016. Такая позиция закреплена в Указаниях Банка России от 11.12.2015 № 3894-4.
2. Бюджетному учреждению необходимо вести учет расходов, полностью или частично произведенных за счет субсидий, для целей налогообложения следующим образом. Правовое положение деятельности бюджетных учреждений определено Федеральным законом от 12.01.1996 № 7-ФЗ «О некоммерческих организациях».
Бюджетные учреждения создаются Российской Федерацией, субъектом Российской Федерации или муниципальным образованием для выполнения работ, оказания услуг в целях реализации, предусмотренных законодательством Российской Федерации полномочий органов государственной власти и местного самоуправления. При этом бюджетные учреждения вправе осуществлять приносящую доходы деятельность лишь постольку, поскольку это служит достижению целей, ради которых они созданы, и соответствующую этим целям, при условии, что такая деятельность указана в учредительных документах. Доходы, полученные от такой деятельности, и приобретенное за счет этих доходов имущество поступают в самостоятельное распоряжение учреждения (п. 2, 3 ст. 298 ГК РФ).
Согласно п. 1 ст. 78.1 БК РФ, в бюджетах бюджетной системы Российской Федерации предусматриваются субсидии бюджетным учреждениям на финансовое обеспечение выполнения ими государственного (муниципального) задания, рассчитанные с учетом нормативных затрат на оказание ими государственных (муниципальных) услуг физическим и (или) юридическим лицам и нормативных затрат на содержание государственного (муниципального) имущества.
К расходам, не учитываемым бюджетными учреждениями при определении налоговой базы по налогу на прибыль организаций, которые должны покрываться за счет средств целевого финансирования в виде субсидий, относятся произведенные расходы в пределах нормативных затрат на оказание ими государственных (муниципальных) услуг физическим и (или) юридическим лицам и нормативных затрат на содержание государственного (муниципального) имущества.