Борис Дмитриевич Цыганков окончил лечебный факультет Московского медицинского стоматологического института (ныне Российский университет медицины) в 1973 году по специальности «Лечебное дело», затем там же в 1975 году окончил клиническую ординатуру по психиатрии. С 1975 по 1992 годы работал в должности младшего, старшего, ведущего научного сотрудника отдела терапии психических заболеваний Московского НИИ психиатрии МЗ РФ. В 1979 году им была защищена кандидатская диссертация. Основным научным направлением в исследованиях профессора Бориса Дмитриевича является изучение клинико-биологических характеристик развития и течения психических расстройств и создание систем дифференцированных динамических терапевтических моделей.
Им были детально изучены клинические признаки развития затяжных приступов шизофрении и предложены высокоэффективные авторские подходы в преодолении фармакологической резистентности в лечении этих состояний. В течение длительного времени профессор проводил клинико-фундаментальные исследования по изучению патогенетических закономерностей развития фебрильных приступов шизофрении, что позволило провести дифференциацию между спонтанно развивающимися психозами с эндотоксикозом и нейролептическими осложнениями с эндотоксикозом. Разработанная клинико-патогенетическая система терапии этих состояний позволила снизить летальность при данной патологии в стране с 70 % до 0 %. Терапия и ее организационные формы (психореанимация) были широко внедрены в практическое здравоохранение.
В мае 1986 года Борис Дмитриевич Цыганков принимает участие в работе медицинских бригад Министерства здравоохранения СССР по ликвидации аварии на Чернобыльской атомной станции. Его участие было отмечено грамотой МЗ СССР и Орденом Мужества.
В 1989 году он был избран вице-президентом Международной ассоциации неотложной психиатрии (штаб-квартира Париж).
В 1990–1991 г. профессор Б. Д. Цыганков проходил стажировку по психиатрии и наркологии в Висконсинском университете (США).