Уникальность задачи реформирования железнодорожного транспорта заключалась в том, что нигде ранее в мировой практике не встречалось изменение экономической модели хозяйствующего субъекта такого масштаба, каким на начало реформы являлось МПС. По сути, предстояло коммерциализировать организацию, сопоставимую по масштабам и размаху деятельности с Вооруженными силами России. При этом в силу инфраструктурных особенностей и специфики внутренних процессов эта организация обладала колоссальной «массивностью», не сопоставимой ни с одной другой организацией, представляющей иные отрасли народного хозяйства.
Первым шагом на пути к решению данной задачи стало изменение организационно-правового статуса основной части хозяйствующего субъекта (МПС) с образованием ОАО «РЖД». При этом в системе государственного аппарата, в частности в Министерстве транспорта, параллельно было создано Федеральное агентство железнодорожного транспорта, основной целью которого была заявлена реализация государственной политики Российской Федерации в сфере железнодорожного транспорта. Это было необходимо, поскольку функцией субъекта рыночных отношений, каким стало ОАО «РЖД», являлось развитие собственной эффективности и получение прибыли.
Государственная политика РФ в области железнодорожного транспорта соответствует общей идеологии, Конституции Российской Федерации и декларируемым политическим руководством страны ориентирам. Она заключается в качественном улучшении транспортных услуг на железной дороге, обеспечении их равнодоступности наряду со снятием инфраструктурных ограничений экономики путем развития здоровой конкурентной среды и становления рыночных отношений в отрасли, создании предсказуемых и долгосрочных правил игры для предпринимателей и инвесторов, когда конкуренция — это способ добиться нормальной ценовой политики и решить ряд социальных проблем. Важнейшее —это обеспечение потребностей граждан и производственного комплекса в услугах железнодорожного транспорта. Полномочия, данные Росжелдору, позволяют действовать для успешного достижения заявленной цели реформирования отрасли. При этом ключевыми направлениями деятельности агентства как органа исполнительной власти являются: