В статье идет речь о произошедшей и зафиксированной в «Концепции устойчивого развития сельских территорий РФ в период до 2020 года», 2010 г. (получившей развитие в «Стратегии устойчивого развития сельских территорий Российской Федерации на период до 2030 года», 2015 г. [1]), но не всеми осознаваемой смене «парадигмы» аграрной экономики (согласно теории научных революций Т. Куна), что отражается в возрастающей сложности систем, изучаемых учеными экономистами-аграрниками: сельское хозяйство (механистическая модель и независимые управляемые переменные); АПК (разумная наблюдаемая система, возможность реализации менеджмента и контроля качества); сельские территории («мультиразумные наблюдающие системы» — социальная модель, взаимозависимые переменные). Поэтому сегодня невозможно все агроэкономические исследования свести к «максимизации прибыли в расчете на одного работника или на единицу площади». Опираясь на необходимость применения системного подхода, в условиях вызовов и санкций, обосновывается необходимость расширения возможностей традиционных стоимостных оценок на базе использования индикаторов (натуральных и относительных оценок) качества принятия управленческих решений. Разрабатывая методики анализа и управления (сельским хозяйством, АПК, сельскими территориями), следует учитывать, что актуализируемый в работе системный подход за 80 лет также претерпел три трансформации: исследование операций (оптимизация сельскохозяйственного производства) или кибернетика 1.0; кибернетика 2.0 и открытые системы (менеджмент качества); киберфизические системы в сельском хозяйстве и АПК.