Система здравоохранения является неотъемлемой и одной из важных экономических сфер жизнедеятельности человека. Важно, чтобы в сфере здравоохранения осуществляли деятельность высококвалифицированные специалисты и их труд достойно оплачивался. Министерство здравоохранения России ведет постоянную работу по совершенствованию системы оплаты труда работников здравоохранения, ориентируя на это и региональные власти. Реформирование систем оплаты труда вызывает необходимость в изменении подхода к формированию аналитического обеспечения. В данной статье отражены особенности и проблемы оплаты труда в сфере здравоохранения. Аргументированы направления анализа фонда оплаты труда в условиях реформирования.