Статья посвящена изучению ключевых вопросов проведения бенчмаркингового исследования на базе медицинских учреждений. Бенчмаркинг обладает высокой востребованностью в России и во всем мире, однако до сих пор отсутствует единый регламент его проведения. В рамках данной статьи было выделено шесть основных этапов методики, которые присутствуют в разных вариантах исследований на эту тему. На основании существующих методик была предложена новая технология, которая позволяет, с одной стороны, соблюдать весь процесс бенчмаркингового исследования, а с другой — учитывает специфику организации. Предложенная методика состоит из четырех этапов реализации исследования, каждый из которых делится на несколько поэтапных шагов. Разработанный алгоритм позволит сделать бенчмаркинговое исследование более эффективным и предоставит возможность смоделировать процесс его проведения, в том числе и финансовые аспекты, еще на стадии принятия решения.