История музея началась в конце 60-х годов прошлого века, когда в местной школе по инициативе учителей и учеников был создан народный музей, посвященный М.П. Мусоргскому, и под размещение его экспонатов выделили два класса. Старожилы этих мест помнят первых энтузиастов — Качнова Алексея Ивановича и Ермакову Татьяну Семеновну, объединивших многих людей идеей создания музея. Народная инициатива получила удивительное продолжение — в 1970 году Народный музей был принят в состав Псковского государственного музея. Эта дата стала началом его официального признания, и сейчас он по-прежнему находится в составе Псковского государственного музея, являясь одним из его филиалов.
Официальный статус государственного музея-усадьбы был установлен Постановлением Совета Министров РСФСР № 624 от 04.12.1974. Это позволило привлечь финансирование на масштабные и дорогостоящие реставрационные работы на всей территории усадебного комплекса. Главный усадебный дом был полностью отреставрирован, и в 1979 году в нем открылась полноценная экспозиция. Ее созданию предшествовали широкие научные изыскания. Специалистами музея изучалась родословная композитора, история создания и исполнения его произведений. Много внимания уделялось изучению края, где он родился и провел ранние годы своей жизни, и который он любил и часто вспоминал.
«Как меня тянуло и тянет к этим родным полям…», — так писал Модест Петрович о своей малой родине. В комплекс заповедника входит территория площадью 8,7 гектара и шесть построек, являющихся культурным наследием федерального значения. Основу составляет усадьба Чириковых в п. Наумово с барским домом 1820–30-х годов XIX века и хозяйственными постройками. Деревянных усадебных домов такого возраста сохранилось очень немного, и дом в Наумово входит в число этих раритетов. В мемориальную зону также входит деревня Карево и погост Пошивкино. Все эти места связаны с наследственными владениями родителей и предков композитора. 21 марта 1839 года здесь родился всемирно известный гениальный русский композитор. Музей-усадьба является единственным в мире мемориальным музеем Модеста Петровича Мусоргского.