Яванских леопардов можно встретить в национальных парках. Они могут обитать в различных средах обитания — от густых тропических лесов в юго-западной части острова к горам, от сухих лиственных лесов к кустарникам на востоке.
С 2001-го по 2004 год было проведено исследование в парке «Гунунг-Халимун» на территории 20 кв. км. Использовались камеры-ловушки и радиослежение. Семь леопардов были обнаружены в районе исследования. Общая численность составляла от 42 до 58 особей. Основной диапазон обитания взрослой самки составил 9,82 кв. км.
Яванским леопардам угрожают потеря среды обитания, истощение базы кормовых ресурсов и браконьерство за счет роста численности населения и сельскохозяйственной экспансии. Конфликт между местными жителями и леопардами также считается основной угрозой. Остров Ява потерял более 90 % своей естественной растительности и является одним из самых густонаселенных островов в мире. Первичные леса остаются только в горных районах на высоте выше 1400 м. На острове обитают 118,3 млн человек, 59 % от общего населения Индонезии, на площади в 2286 кв. км. Плотность населения этого острова намного превышает большинство других островных государств.
Яванский леопард находится под защитой конвенции СИТЕС.
Усилия по восстановлению популяции яванских леопардов направлены на защиту от вымирания. Охотничьи законы здесь строго соблюдаются. В 2005 году национальный парк «Гунунг-Халимун» был расширен в три раза от своего первоначального размера для восстановления популяции яванского леопарда, яванского гиббона и яванского ястреба-орла.
Для решения вопроса перенаселения на острове и посягательства на среду обитания охраняемых видов индонезийским правительством формируется общенациональная программа планирования семьи.
В 1997 году насчитывалось 14 яванских леопардов в европейских зоопарках. Разведение яванского леопарда в рамках селекционных программ в Америке и Европе не имело успеха. С 2007 года в таманском сафари-зоопарке Индонезии находятся 17 яванских леопардов, среди которых семь самцов и 10 самок. Индонезийские зоопарки «Рагунан» и «Сурабая» также содержат яванских леопардов.