Дмитрий Николаевич Набоков родился 18 июня 1827 г. в Санкт-Петербурге1 . Происходил из старинного русского дворянского рода Набоковых. Дедом был генерал от инфантерии Александр Иванович Набоков (1749–1807). Его дяди Иван Александрович и Петр Александрович были известными генералами. Отец политика В.Д. Набокова, дед писателя Владимира Набокова и композитора Николая Набокова.
В 1845 году окончил Императорское училище правоведения с чином коллежского секретаря и поступил на службу во 2-е отделение 6-го департамента Сената. В следующем году был причислен к департаменту Министерства юстиции и назначен и.д. Симбирского уездного казенных дел стряпчего, где отлично себя проявил. Его заметили и пригласили в столицу в министерство юстиции. Здесь он хорошо, «изнутри» узнал работу центрального аппарата министерства: был чиновником особых поручений при директоре департамента, редактором гражданского отделения, начальником законодательного отделения.
Исполнял он и обязанности товарища председателя Санкт-Петербургской палаты гражданского суда. Карьеру его можно считать вполне успешной. Но в 1853 г. он неожиданно перешел в Морское министерство под покровительство великого князя генерал-адмирала Константина Николаевича2 на должность вице-директора комиссариатского департамента. Его работа на этом посту пришлась на годы Крымской войны. Набоков занимался снабжением морских крепостей и флота провиантом и различного рода припасами. Работа была необычайно ответственной, требовавшей и знаний, и ума, и организаторского таланта. Все это у Набокова было в полной мере.
После войны Дмитрий Николаевич на два года был откомандирован за границу, где помимо прочего, вспомнив свою тягу к юриспруденции, изучал судоустройство и судопроизводство в европейских странах. На родине, после возвращения, его восхождение по карьерной лестнице благодаря покровительству великого князя происходило стремительно. В 1864 г. он получил повеление присутствовать в Сенате, в 1866 г. — назначен статс-секретарем императора, а в 1867 г. занял пост главного управляющего Собственной Его Императорского Величества канцелярии по делам Царства Польского, а также министра-секретаря по этим же делам.