Плательщики НДС имеют право уменьшить общую сумму налога, исчисленную в соответствии со ст. 166 НК РФ, на налоговые вычеты (п. 1 ст. 171 НК РФ).
К вычету принимаются, в частности, суммы НДС, предъявленные налогоплательщику при приобретении товаров (работ, услуг) для осуществления операций, признаваемых объектами налогообложения по НДС, либо для перепродажи (п. 2 ст. 171 НК РФ). При этом вычет сумм НДС производится на основании счетов-фактур, выставленных продавцами товаров (работ, услуг), после принятия на учет данных товаров (работ, услуг) и при наличии соответствующих первичных документов (п. 1 ст. 172 НК РФ).
В соответствии с п. 1.1 ст. 172 НК РФ (введен Федеральным законом от 29.11.2014 № 382-ФЗ) указанные налоговые вычеты могут быть заявлены в налоговых периодах в пределах трех лет после принятия на учет приобретенных налогоплательщиком на территории РФ товаров (работ, услуг) или товаров, ввезенных им на территорию РФ (письма Минфина России от 18.05.2015 № 03–07-РЗ/28263; 09.04.2015 № 03–07–11/20293).
Налогоплательщик вправе применить вычет в любом из налоговых периодов в течение трех лет после принятия на учет приобретенных товаров.
Согласно позиции Минфина России принятие к вычету НДС на основании одного счета-фактуры частями в разных налоговых периодах не противоречит НК РФ. Например, в письмах от 16.06.2016 № 03–07–10/34875;
18.05.2015 № 03–07-РЗ/28263; 09.04.2015 № 03–07–11/20293 Минфин России разъяснил, что вычет НДС на основании одного счета-фактуры частями в разных налоговых периодах в течение трех лет после принятия на учет товаров (работ, услуг), за исключением основных средств, оборудования к установке и (или) нематериальных активов, не противоречит НК РФ.
Отметим, что суды по данному вопросу придерживались аналогичной позиции и в более ранний период. И в случае возникновения споров с проверяющими по данному вопросу высказывались в защиту позиции налогоплательщика, применившего вычет по одному счету-фактуре частично в разных периодах.