Эффективность государственного финансового контроля как системы в значительной степени зависит от того, насколько четко установлены, организованы и согласованы элементы, составляющие его структуру. Система государственного финансового контроля должна быть построена на единых принципах функционирования и решения поставленных задач, с четким определением органов контроля и разделением функций и полномочий каждого из них. В этом случае создаются условия для управления финансовыми потоками государства и корректировки их экономических результатов в соответствии с общественными потребностями.
Следует учитывать, что, даже если каждый элемент структуры государственного финансового контроля будет функционировать достаточно эффективно, это еще не означает, что система государственного финансового контроля как целое будет функционировать с максимальной эффективностью. Системность при этом означает наиболее рациональное соотношение между элементами централизации и децентрализации органов государственного финансового контроля, обеспечение координации их деятельности, наличие общей методологии контроля при сохранении их самостоятельного статуса.
Современная система государственного финансового контроля, включающая внутренний и внешний контроль, законодательно была установлена в результате принятия в 2013 году изменений в Бюджетный кодекс.
Внешний государственный (муниципальный) финансовый контроль — это независимый контроль за деятельностью исполнительной власти по управлению государственными финансами, который осуществляют государственные органы, образованные законодательной (представительной) властью на федеральном уровне, в субъектах Федерации и муниципальных образованиях (Счетная палата РФ, контрольно-счетные органы субъектов Федерации и муниципальных образований).
Внутренний государственный (муниципальный) финансовый контроль — это контроль за использованием государственных финансов, который осуществляется специальными органами исполнительной власти, образованными на федеральном уровне, в субъектах Федерации и муниципальных образованиях (Федеральное казначейство, органы государственного (муниципального) финансового контроля, являющиеся, соответственно, органами (должностными лицами) исполнительной власти субъектов РФ, местных администраций, а также финансовые органы субъектов РФ или муниципальных образований) [1, ст. 265].